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合成ゲノムの革新:DNA合成の未来への突破口

DNA 合成の技術開発の歴史や現在地をレビューしたニュース記事を紹介します!
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【タンパク質デザイン】突然変異の効果をインシリコで予測しやすいタンパク質の特徴とは

タンパク質の突然変異の効果を予測しにくい構造的特徴について紹介します!
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未知のタンパク質構造を予測する新時代へ:進化的アプローチの最新研究解説

進化情報を用いて未知のタンパク質の3D構造を予測する最新の技術の紹介します!
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日本の科学研究力について・・・

日本の研究力の国際的地位の要因として研究環境の問題に言及した、ニュースレポートの紹介です。
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【抗体デザイン】高度に類似した抗原に対して特異的なバインダーをインシリコでデザインするには

ファージディスプレイパニングで得られた配列情報を活用して訓練した機械学習モデルをもとに、訓練データに含まれていない仮想配列の抗原結合特性を予測する手法を紹介します!
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【抗体デザイン】Transformer で標的抗原に結合する抗体HCDR3をデザインする手法

望みの抗原に結合する CDRH3 を生成する PALM と、エピトープ配列と抗体配列から結合親和性を予測するモデル(A2binder)を紹介します!
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【AlphaFold】AF2が示す新しい相互作用様式、その名も”Ghost interactions”

AlphaFold2 (AF2) を利用して、動きが多い領域でのタンパク質とリガンド(小分子)との相互作用、いわゆる"幽霊相互作用"を明らかにした論文を、紹介します。
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【AlphaFold2】AF2をリガンド結合サイト予測に利用 AF2BINDの実態

AlphaFold2(AF2)のペア表現を利用して、新しいモデルAF2BINDを訓練し、ターゲットとなるタンパク質だけを与えられた場合に、小分子の結合部位を正確に予測する手法を紹介します!
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【タンパク質デザイン】酵素の活性予測における生成系AIの活用実績をレビュー

酵素タンパク質のエンジニアリングにおける、生成系AIの活用実績についてレビューした論文を紹介します!
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【RFDiffusion】低分子に対するタンパク質バインダーを計算機で生成して構造予測!

複合体の構造予測やデザインを、非タンパク質性の分子にまで拡張した計算機手法、RoseTTAFold-All-Atom (RFAA) と RFdiffusion All-Atom (RFdiffusionAA) について解説した論文を紹介します!