Articles 【抗体デザイン】マスク言語モデルを用いた抗体の配列設計モデルを紹介！
マスク言語モデルを利用したタンパク質の配列設計手法を紹介します！抗原結合を伴う抗体の配列設計への適用を試みています。
2024-01
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Articles 大規模データセットを用いたタンパク質安定性予測手法
タンパク質の熱安定性を予測する言語モデル「ESM_therm」を紹介します！
Articles 【抗体デザイン】ついにウェット試験で結合活性を示す抗体CDRをインシリコでデザイン！
IgDesign という手法で、抗原結合抗体をインシリコでデザインし、ウェットでその結合活性を確認した事例を紹介します！
Articles 抗体ペアリングの新時代：エンコーダー・デコーダーモデルpAbT5の可能性
抗体の重鎖または軽鎖に対応するペア配列を生成できるモデル、pAbT5 を紹介します！
Articles 【タンパク質構造解析】CASP15で好成績を収めたDeepFoldを深掘り！
DeepFold という名の新しいタンパク質構造予測モデルについて紹介します！タンパク質の側鎖とバックボーンの精度を高めるために、損失関数とテンプレート機能、エネルギー関数に最適化の工夫がみられます。
Articles リガンド結合親和性予測のためのアクティブラーニングプロトコルのベンチマーク
アクティブラーニングを利用した低分子リガンドと標的タンパク質の結合親和性予測手法について、その精度をベンチマークした論文を紹介します！
Articles 【タンパク質構造予測】単一配列からのタンパク質構造予測におけるColabFoldの革新
本論文では、ColabFold に標的のタンパク質配列を投げるだけで、タンパク質の代替構造を予測できることを示した論文を紹介します！
Articles AlphaFold2を活用したタンパク質の多様な構造状態の予測
タンパク質の多状態構造を、MSA のクラスタリングと AlphaFold を利用して予測する AF-cluster という手法を紹介します！
Articles 現在の結合親和性予測モデルは、どんな特徴を学習しているのか
結合親和性予測のための既存の機械学習モデルが、どのような特徴量を用いて親和性を予測しているのか、そのメカニズムについて解析した論文を紹介します！
Biotechnology 【RFDiffusion】バインダーデザインにおけるAF2スクリーニングのコツ
RFDiffusionでバインダーデザインするときのコツを紹介します！