Biotechnology 【RFDiffusion】バインダーデザインにおけるAF2スクリーニングのコツ
RFDiffusionでバインダーデザインするときのコツを紹介します！
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Biotechnology 【まとめ】レトロウイルスベクターとは
はじめに
レトロウイルスベクターについてのレビュー論文をあさっていたのですが、ウイルスベクターの基本的な仕組みやコンポーネントについて網羅的に記述されている文献を見つけることができませんでした。
いろいろなウェブサイトや文献か...
Biotechnology 【Uniprot】蛋白質情報の自動取得
はじめに
Uniprotは蛋白質の配列や機能に関する情報を提供する公共データベースです。あらゆる蛋白質の情報が網羅的に格納されています。
Uniprotから多種類の情報を一括して取得したり、プロジェクト特有な解析を行う場合は、...
Biotechnology 【2020年版】 研究者必見、おすすめPCR酵素6選
一般的な遺伝子工学実験に使用されるハイフィデリティポリメラーゼにフォーカスをあてて、各メーカーの製品を紹介していきたいと思います。
Biotechnology 遺伝子合成サービスの紹介
はじめに
DNAのde novo合成や、マイクロアレイ技術や自動化技術の活用によって、近年は安価に多検体を調製できるようになりました。遺伝子合成サービスを提供する各社も技術の発展に伴いサービスの内容や質が多様化しているように思います...
Biotechnology アミノ酸配列の分散表現
近年の機械学習の発展に伴い、蛋白質工学においても機械学習の活用事例が増えています。最適なアミノ酸配列の提案や、配列集団のクラスタリングをおこなうために、機械学習の訓練データにアミノ酸配列を利用する際には、一文字表記の列挙文字列を数値ベクト...
Biotechnology 【Django】ウェブアプリをpythonanywhereで実装する際のエラー集
はじめに
機械学習のアルゴリズムを利用したウェブアプリを開発することを目指し、pythonで実装されたウェブアプリ開発用のフレームワークであるDjangoを利用することとしました。無料で使えるレンタルサーバーとしてpythonany...
Biotechnology 【2020年版】 バイオ研究者必見、おすすめコンピテントセル紹介
コンピテントセルの分類
今回は遺伝子工学実験に必須なコンピテントセルについて紹介します。細菌への形質転換には、
• ヒートショックによる化学的な形質転換法• エレクトロポレーション
の２つがあります。ヒートショックは特別...
Biotechnology 【Human Protein Atlas】ダウンロードできるデータの全貌
前回は、Human Protein Atlas の概要について解説しました。
今回は、データベースからダウンロードできるデータ構造について紹介します。
下のページから zip ファイルをダウンロードすることができま...
Biotechnology 【Human Protein Atlas】概要の紹介
Human Protein Atlas とは
Human Protein Atlas とは、ヒトを中心に様々な器官、組織、細胞ごとに分類されたタンパク質の、発現や局在に関するデータベースです。
2003年からスウェ...