Articles

デノボタンパク質デザインにより、ナノポアタンパク質のサイズと形状を自由自在に

新規プロテインデザインを使用して、特定のサイズと形状を持つ伝導性ナノポアを創出した研究を紹介します!
Articles

【FragFold】AlphaFoldを使用した阻害タンパク質断片の高速計算手法を開発!

AlphaFold を用いてタンパク質断片がターゲットタンパク質に結合・阻害するかどうかを予測する新しい方法、FragFold について紹介します!
Articles

リガンド結合部位を予測する DeepProSite について解説します!

タンパク質のリガンド結合部位を予測する手法 DeepProSite について紹介します!
Articles

【タンパク質デザイン】構造配列プロファイルを活用した配列設計の新規手法 SPDesign とは

逆折り畳み問題を解く新規手法である SPDesign を紹介します!
Articles

【抗体デザイン】抗体に特化した配列設計モデル AbMPNN の実態

抗体に特化した逆折り畳み問題を解くモデル、AbMPNN を紹介します!
Articles

【抗体デザイン】マスク言語モデルを用いた抗体の配列設計モデルを紹介!

マスク言語モデルを利用したタンパク質の配列設計手法を紹介します!抗原結合を伴う抗体の配列設計への適用を試みています。
Articles

大規模データセットを用いたタンパク質安定性予測手法

タンパク質の熱安定性を予測する言語モデル「ESM_therm」を紹介します!
Articles

【抗体デザイン】ついにウェット試験で結合活性を示す抗体CDRをインシリコでデザイン!

IgDesign という手法で、抗原結合抗体をインシリコでデザインし、ウェットでその結合活性を確認した事例を紹介します!
Articles

抗体ペアリングの新時代:エンコーダー・デコーダーモデルpAbT5の可能性

抗体の重鎖または軽鎖に対応するペア配列を生成できるモデル、pAbT5 を紹介します!
Articles

【タンパク質構造解析】CASP15で好成績を収めたDeepFoldを深掘り!

DeepFold という名の新しいタンパク質構造予測モデルについて紹介します!タンパク質の側鎖とバックボーンの精度を高めるために、損失関数とテンプレート機能、エネルギー関数に最適化の工夫がみられます。