Articles 【配列デザイン】CNNでタンパク質の主鎖構造から配列をデザイン
タンパク質の主鎖構造から、深層学習を利用して、配列をデザインする手法について紹介します。
deep learning
Articles Articles 【バインダーデザイン】MDシミュレーションで生成した訓練データを活用してMonobodyをデザイン
深層生成モデルを利用して、Monobody型のバインダーをデザインする手法"Sculptor"を紹介します。
Articles 【遺伝子オントロジー】配列からタンパク質の機能を説明する文書生成技術を紹介！
タンパク質の配列情報から、その機能を説明するテキストを生成する、深層学習モデルについて紹介します。
Articles 【抗体】新しい深層生成モデルでH3配列をサンプリング
multi-segment preserving samplingという深層生成モデルを提案して、抗体のH3デザインに応用した論文です。
Articles 【拡散モデル】ついにpico molarオーダーのバインダーをデザイン！ RF diffusionのポテンシャル
拡散モデルを用いたタンパク質デザイン手法 RF diffusionを提案した論文を紹介します。
Articles 深層学習を活用した結合界面予測手法PINetとは
深層学習を活用して、特定のリガンド・レセプター間の相互作用界面領域を予測するための手法、PINetを提案した論文を紹介します。
Articles “Structured interaction motifs”で、抗原抗体相互作用を低次元に表現
Structural interaction motifsと呼称する独自の表現方法で、抗原抗体相互作用の特徴を低次元で効率的に表すことを試みた論文を紹介します。
Articles 深層学習だけで、HCDR3の構造を予測
抗体のHCDR3構造を、配列から予測するための手法 SimpleDH3を提案している論文を紹介します。
Articles Equivariant Neural Networksで抗体デザインに挑戦
抗原・抗体複合体のドッキング予測とデザインのため、Hierarchical Equivariant Refinement Network (HERN)を提案した論文を紹介します。
Articles 【抗体デザイン】深層学習を利用した抗体のヒト化モデルBioPhiとは
抗体のヒト化スコアの算出と、ヒト化デザインを計算機で行うためのプラットフォームBioPhiを紹介しています。