structure

Articles

世の中に存在する複合体タンパク質の構造を徹底解剖!

生体内に存在するホモオリゴマータンパク質を網羅的に検出して、体系的にその構造や機能、疾患との関連性を考察した論文を紹介します!
Articles

【タンパク質構造解析】CASP15で好成績を収めたDeepFoldを深掘り!

DeepFold という名の新しいタンパク質構造予測モデルについて紹介します!タンパク質の側鎖とバックボーンの精度を高めるために、損失関数とテンプレート機能、エネルギー関数に最適化の工夫がみられます。
Articles

【タンパク質構造予測】単一配列からのタンパク質構造予測におけるColabFoldの革新

本論文では、ColabFold に標的のタンパク質配列を投げるだけで、タンパク質の代替構造を予測できることを示した論文を紹介します!
Articles

多重配列アラインメントを使用しないタンパク質構造予測の新手法

PLM と AlphaFold の手法を活用したタンパク質構造予測モデル HelixFold を紹介します!
Articles

【RFDiffusion】低分子に対するタンパク質バインダーを計算機で生成して構造予測!

複合体の構造予測やデザインを、非タンパク質性の分子にまで拡張した計算機手法、RoseTTAFold-All-Atom (RFAA) と RFdiffusion All-Atom (RFdiffusionAA) について解説した論文を紹介します!
Articles

【タンパク質デザイン】AF2とESMFoldでデノボデザインタンパク質をスクリーニングするためのコツ

計算機でデザインしたタンパク質を、インシリコでスクリーニングするときの、AF2 や ESMFold の有用性について評価した報告を紹介します!
Articles

【タンパク質構造予測】AF2を超える計算速度、RoseTTAFold”2″の威力について

タンパク質構造予測モデル RoseTTAFold の改良版、RoseTTAFold2 について紹介します!
3D model

【タンパク質構造予測】AF2全盛期における複合体予測手法の将来展望は

AF2前後のタンパク質複合体構造予測手法をまとめたレビュー論文を紹介します!
Articles

【総説】タンパク質複合体構造予測の現在地

タンパク質の複合体構造を予測する手法の課題について整理したレビュー論文を紹介します!
Articles

【最新】TCR-CD3の構造

TCR-CD3の、cryoEMでの8量体複合体構造の解析結果を紹介します。