論文タイトル
Automated Platform for the Plasmid Construction Process
出典
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pubs.acs.org
要旨
プラスミド構築を自動化するためのプラットフォーム開発についての論文です。
解説など
本手法は、DNA アセンブリをベースにしたプラスミド構築法になります。プラスミド上で、各遺伝子モジュール間の組み合わせや順序を自由自在に制御するために活用できる手法です。過去に j5 アルゴリズムと呼ばれる、DNA アセンブリの実験プロトコルを自動化するための計算ツールが開発されています。このアルゴリズムは、DeviceEditor というユーザーインターフェースに統合されて利用されてきました。
このような背景に基づき、j5 アルゴリズムに基づくデザインツールをベースに、自動化機器とのインテグレーション機能を改良した、というのが本論文の主旨になります。このツールを DNAda と命名しています。
本手法を満たすこれまで Web アプリケーションには、
- PlasmidMaker
- CUBA Web サービス
などが存在していますので、これらのツールが競合になるかと思います。取り扱えるアセンブリ手法の多様性や、直接的に対応している自動化機器の種類が差別化要素になるでしょうか。この点は追加調査が必要です。
DNAda がインテグレーションの対象としている実験機器は以下のとおりです。
- 自動溶液分注機：Echo Acoustic Liquid Handler
- 自動溶液分注機：Biomek FXp
- アガロースゲル電気泳動装置：zero agarose gel (ZAG) DNA electrophoresis instrument
- コロニーピッカー：QPix colony picker
DeviceEditor についてはこちらから。
DeviceEditor Manual
j5.jbei.org
Web アプリケーションを使用したくない場合は、Python Package Index (PyPI) を通じてコマンドラインインターフェイスも利用できるとのことです。
