Articles Vilya-1とは？多様なマクロサイクルを原子レベルで扱う構造予測・設計モデル
マクロサイクルの立体構造を生成し、膜透過性などの物性予測や新規分子設計にも利用できる深層学習モデル「Vilya-1」を紹介します！
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Articles OpenDDE：オープンソースで最先端の共折りたたみを目指す創薬AI基盤モデル
生体分子複合体の構造予測を中核としたオープンソースAI基盤モデル「OpenDDE」を紹介します！
Articles 抗原ごとに賢く順位づける：In-Context Learningによる抗体親和性ランキング「AbICL」
抗原ごとの既知の親和性比較を「文脈」として活用することで、追加学習なしに抗体親和性ランキングを改善する新しいIn-Context Learningフレームワーク「AbICL」を紹介します！
Articles IgGM2：抗体・ナノボディ・TCRを統合的に設計するオールアトム基盤モデル
抗体・ナノボディ・TCRの構造予測とCDR設計を一つのオールアトム生成モデルで統合し、配列と構造を同時に設計する新しい免疫受容体設計フレームワーク IgGM2を紹介します！
Articles Protein Language Modelを活用した多タスク学習で、6つのタンパク質開発性プロパティをまとめて予測する「Prot2Prop」
構造情報を取り込んだProtein Language Model「ProstT5」を活用し、6種類のタンパク質開発性プロパティを1つのモデルで同時に予測する多タスク学習モデル「Prot2Prop」を紹介します！
Articles LLMエージェントのタンパク質設計における苦手分野とは
LLMエージェントはタンパク質設計ツールを適切に選択できる一方、生成した候補を十分に比較・評価せず設計を終了する傾向があり、その「評価の浅さ」が性能向上の大きな課題であることをBioDesignBenchが明らかにしています。
Articles TreeGazer：進化の樹を活用して、より情報量の多いタンパク質配列選択を実現する新しい枠組み
系統樹という生物学的な事前知識を活用し、限られた実験回数でも効率よくタンパク質の配列-機能空間を探索する新しいベイズ最適化フレームワーク「TreeGazer」を紹介します！
Articles 抗体の進化が明かす「エントレンチメント」について
抗体重鎖可変領域（IGHV）遺伝子間に存在するアミノ酸の違いが、「エントレンチメント（entrenchment）」と呼ばれる相互拘束の状態になっているかを調べた研究です！
Articles AIはタンパク質の「揺らぎ」をどこまで予測できるのか？主要な構造アンサンブル予測ツールを比較した研究
タンパク質の複数の構造状態（構造アンサンブル）を予測するAIツールであるBioEmu、AFSample2、ESMFlowの性能を比較した研究を紹介します！
Articles ProtAff：タンパク質の「結合の強さ」を配列だけから予測するLoRAチューニング版ESM-2モデル
タンパク質配列だけから結合親和性をランキングする新モデル「ProtAff」を紹介します！