Articles 大規模抗体言語モデル「AbLingua」による構造を意識した抗体表現学習 ― 抗体工学のための新たな基盤モデル
4億件の抗体配列で学習した大規模抗体言語モデル「AbLingua」を解説します。独自のトリペプチド表現とスケーリング戦略によって、パラトープ予測、中和能予測、抗体設計など幅広い抗体工学タスクへの応用可能性を示した研究です！
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Articles 言語モデルがタンパク質生物学の「世界モデル」を実現 ― ESMC・ESMFold2による構造予測・分子設計・生物学マッピング
28億配列で学習した大規模タンパク質言語モデルを基盤として、構造予測・抗体設計・タンパク質設計・68億配列規模の生物学マッピングを統合的に実現した研究を紹介します！
Articles インテグリン非依存的にTie2を活性化するデノボ設計タンパク質の開発
RFdiffusionを用いて設計されたTie2特異的ミニバインダーH8mbが、インテグリン非依存的にTie2を活性化し、血管バリア機能の改善とARDSモデルマウスの生存率向上を示した研究を紹介します！
Articles 巨大実験データで進化したタンパク質安定性予測―― 180万件規模の測定データから生まれた「ESM3ΔG」「SaProtΔG」
180万件規模の実験データを使って、タンパク質の絶対安定性を高精度に予測する「ESM3ΔG」「SaProtΔG」を開発した研究を解説します！
Articles LLMとE(3) GNNを組み合わせた統合型タンパク質結合部位予測Webサーバー「xBind」
ESM-2とE(3)-equivariant GNNを組み合わせ、protein–protein、DNA、RNA結合部位を統合的に予測するWebサーバー「xBind」を解説します！
Articles アビディティを数式で理解する：サイトカインと抗体の多価結合を統一的に記述する理論モデル
多価結合の「アビディティ」を、抗体とサイトカインに共通する数式として定義し、受容体密度や共発現がシグナル感受性をどう変えるかを、単一細胞・空間データまで接続して説明した理論研究を紹介します！
Articles Genie 3とは何か？SE(3)等変性を“捨てずに進化”させた高速・高性能な次世代タンパク質デザインモデル
SE(3)等変性を維持したall-atom拡散モデルによって、タンパク質binder設計・motif scaffolding・新規構造生成を高速かつ高性能に進化させた次世代プロテインデザイン手法 Genie 3を紹介します！
Articles BioKinemaとは何か？ 全原子レベルで「分子の動き」を生成する、物理法則ベースの生体分子ダイナクス基盤
物理法則に基づく時間attentionと階層的拡散生成によって、全原子レベルの生体分子ダイナクスを高速に再現しようとする、新しいMD代替候補モデル BioKinema を紹介します！
Articles 1本のタンパク質に合わせてAIをその場で調整する――ProteinTTTが切り開く「個別最適化」型タンパク質AI
タンパク質言語モデルを「1本のタンパク質」に対して推論時に自己教師あり適応させることで、構造予測や変異効果予測の精度を改善する新しい個別最適化アプローチ、ProteinTTTについて解説します！
Articles 環状置換に不変な表現を学習して、潜在的なタンパク質ホモログを発見する
タンパク質の環状置換による末端位置の違いを超えて構造類似性を捉えることで、これまで見逃されやすかった進化的・構造的関係を大規模に発見できる検索モデル「CIRPIN」について紹介します！