【バイオインフォ】”CRISPR base editor”の gRNAデザインツール

論文タイトル

Web-based design and analysis tools for CRISPR base editing

出典

2018 Dec 27;19(1):542.

Web-based design and analysis tools for CRISPR base editing - PubMed

We develop two useful web tools to design target sequence (BE-Designer) and to analyze NGS data from experimental results (BE-Analyzer) for CRISPR base editors.

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

確認したいこと

調査していたCRISPR base editorをデザインするためのツールが紹介されていたので、内容を確認してみました。

【分子進化】部位特異的塩基編集技術(A・T→G・C)

論文タイトルProgrammable base editing of A・T to G・C in genomic DNA without DNA cleavage出典Nature. 2017 Nov 23;551(...

www.biospace.info

2022.02.22

要旨

BE-DesignerとBE-Analyzerと名付けた、２つのウェブツールが開発されました。

• BE-Designer：標的の遺伝子を塩基編集するための、sgRNAをデザイン
• BE-Analyzer：NGSデータから、塩基編集結果を評価

解説など

以下のurlから、ブラウザ上で解析が可能です。

CRISPR RGEN Tools

Computational tools and libraries for CRISPR/Cas9-derived RNA-guided engineered nucleases (RGENs).

www.rgenome.net

ご覧のとおり、UIがしっかりしていて、初見で実行することも難しくないでしょう。

Cas9の由来、宿主、デアミナーゼの種類によって、sgRNAのデザインは変わります。パラメータそれぞれについて、既存の報告をベースに十分な数から選択できるように設計されています。

このアプリを実行するだけで、CRISPR base editingの仕組みが理解できるようになることも、ツールの利点と感じました。

sgRNAのデザインツールは、Benchling’sからもサービス提供されています。

CRISPR Guide RNA Design Tool | Benchling

Our CRISPR gRNA design tool allows you to design, visualize, optimize, and annotate multiple sequences at a time for higher specificity and minimal off-target e...

www.benchling.com

本論文では、BE-DesignerとBenchling’sツールの仕様の比較が、表で示されています。どちらも必要十分な性能がありますが、ややBE-Designerの方が、汎用性が高い印象です。