Articles 【de novo design】ついにバインダーデザインが深層学習でも可能に
タンパク質間相互作用モチーフをデザインための、イメージキャプションアルゴリズムを利用した深層学習手法iNNterfaceDesignを紹介します。
2022-07
Articles Articles 【de novoデザイン】人工ミニプロテインをde novoデザインして、ウイルス中和分子を作製
インフルエンザウイルスタンパク質(HA)とボツリヌス毒素タンパク質(BoNT)に対して結合する、低分子量のタンパク質のde novoデザインに成功したことを報告した論文を紹介します。
Articles 【de novoデザイン】世界初！βバレル構造の蛍光タンパク質をin silicoデザイン
低分子の結合に応答して蛍光を発するβバレルタンパク質を、de novoデザインした報告について紹介します。
Articles 【de novoデザイン】SARS-CoV-2スパイクタンパク質を中和する分子をin silicoでデザイン
in silicoでSARS-CoV-2スパイクタンパク質に対する結合分子をデザインした報告を紹介します。
Articles 【構造予測】RoseTTAFoldを抗体構造予測に適応すると・・・
タンパク質構造予測のための深層学習モデルRoseTTAFoldを、抗体の構造予測に適応したときの予測精度を、従来のホモロジーモデリング手法と比較評価した論文を紹介します。
Articles 【エピトープ予測】深層学習モデルScanNetで、タンパク質の結合部位を予測
深層学習モデルScanNetを利用して、タンパク質間相互作用の結合部位を予測する方法を紹介します。
Articles 【構造予測】VHH抗体のin silico構造予測手法まとめ
VHHの構造予測手法についての総説を紹介します。
Articles 【ペプチド】ペプチド関連のin silicoツールを網羅してみた
ペプチドに特化して、データベース、構造予測、デザインに関わるin silicoツールについて紹介します。
Articles 【de novo design】タンパク質の主鎖原子構造に着目した「van der Mer」を利用して、低分子に結合するタンパク質をデザイン
タンパク質の主鎖原子構造に着目した「van der Mer」を利用して、「低分子」に結合するタンパク質をde novoデザインした論文を紹介します。
Articles 【de novo design】TERMを組み合わせてバインダーをデザインする方法
「tertiary motifs(TERM)」を組み合わせることで、標的タンパク質に結合する分子をin silicoでデザインする手法を紹介します。