Articles 全原子レベルでとらえる抗体言語モデルで抗体を最適化する
全原子相互作用モデリングと抗体言語モデルを組み合わせ、抗体予測から最適化までを一貫して行う InterAb / InterAb-Opt を解説しました。
2026-03
Articles 
Articles Surf2Spot：構造がなくても使える、表面情報ベースの結合ホットスポット予測モデル
タンパク質の単量体構造から相互作用ホットスポットを予測する深層学習モデル「Surf2Spot」を紹介します！
Articles フローマッチングと in silico 成熟化で切り拓く高親和性タンパク質バインダー設計
本研究は、フローマッチングに基づく生成モデルと計算機内親和性成熟を組み合わせることで、実験を行わずに高親和性タンパク質バインダーを設計する手法を紹介します！
Articles マルチエージェントとパレート最適化で挑む、構造と機能を両立するタンパク質設計
構造安定性と機能性という相反しやすい設計目標を同時に最適化するために、複数のタンパク質設計モデルを協調させるマルチエージェントフレームワーク「MAProt」を紹介します！
Articles 生成AI「Origin-1」による de novo 抗体設計の実証研究
ゼロ情報エピトープに対する抗体設計という難題に、生成AIでどこまで迫れるのかを実験的に示した研究を、初学者向けに解説します！
Articles ProtBFFによるタンパク質間結合ΔΔG予測の改善
本論文では、タンパク質間結合自由エネルギー変化（ΔΔG）予測において、既存データセットの問題点を明らかにし、生物物理的特徴を明示的に取り入れる新しい枠組み「ProtBFF」を紹介します！
Articles 400万抗体で検証! FLAb2ベンチマークの結果について
抗体AIはどこまで「開発しやすさ」を見抜けるのか――400万抗体を用いたFLAb2ベンチマークが、その現実的な限界を明らかにした論文です。
Articles 【抗体デザイン】contrastive learning を活用した反復抗体設計手法 HyperBind2 を紹介
「失敗から賢くなる抗体探索プロセス」を実現する抗体設計モデル HyperBind2 を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】T-cell engager の分子形もインシリコで最適化
高スループット機能アッセイと多目的ベイズ最適化を閉ループ統合し、抗原密度依存 avidity を設計原理として HER2×CD3 TCE の完全選択的活性を実現した論文を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】デノボデザインの統合パイプライン Ovo の構想とは
Ovo という、RFdiffusion 時代の de novo タンパク質設計を「個人芸」から「再現可能な工学プロセス」へ昇格させるための実践的オープンソース基盤を紹介します！