Articles 【抗体デザイン】拡散モデルを用いた “State-of-the-art” のデザイン手法を紹介します！
抗体の配列設計手法 AbDesignと、抗原ドッキング手法 AbDock を用いて、抗体の構造予測や抗原親和性増強をおこなう手法を紹介します！
2023-10
Articles Articles 【AlphaFold】条件付き構造予測で、タンパク質の多状態構造をモデリング
AlphaFold によるタンパク質構造予測を、条件付きで実行する手法 AFEX について紹介します！
Articles 【抗体スクリーニング】不要なエピトープバインダーを取り除くデコイタンパク質デザインのコツ
標的エピトープに結合するバインダーを、優先的にスクリーニングで選抜するための方法論を紹介します！
Articles 【科学トレンド】これから流行る研究トピックを予測するモデル SciTrends とは
科学研究のトレンドを予測するモデル、SciTrends について紹介します！
Articles 【抗体】インフルエンザ抗体のエピトープを予測する言語モデル mBLM について
抗体データセットに基づく深層学習大規模言語モデルを活用して、抗インフルエンザ HA 抗体の特性理解やエピトープ予測を行う手法を紹介します！
Articles 【バインダーデザイン】光で結合活性を制御できるDARPinを計算機デザイン
光でバインダーの結合活性を制御する、タンパク質スイッチシステムを紹介します！
Articles 【抗体デザイン】インシリコデザインで、高度な特徴量の解析は不要
言語モデルとファージディスプレイパニングのデータを活用して、抗体の親和性増強のための改変探索を行う手法を紹介します！
Articles アミノ酸配列のみを用いた拡散生成モデルでタンパク質をデザインする手法 EvoDiff とは
タンパク質のアミノ酸情報のみを用いて構築された、タンパク質の拡散生成モデル EvoDiff について紹介します！
Articles 【構造予測】AlphaFold でも変異効果は予測できます
AlphaFold の変異効果予測を、effective strain を指標に捉えることができることを示した論文を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】”ダークマター”タンパク質の実体とデザイン手法について
低解像度の構造モチーフを文字列形式で表現した「Sketch」と、それを設計可能なフォールディングに修正するVAEモデル「Genesis」を活用することで、非天然のデノボ構造（＝ダークマタータンパク質）を設計する手法について紹介します！