Articles 日本の科学研究力について・・・
日本の研究力の国際的地位の要因として研究環境の問題に言及した、ニュースレポートの紹介です。
2023-11
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Articles 【抗体デザイン】高度に類似した抗原に対して特異的なバインダーをインシリコでデザインするには
ファージディスプレイパニングで得られた配列情報を活用して訓練した機械学習モデルをもとに、訓練データに含まれていない仮想配列の抗原結合特性を予測する手法を紹介します！
Articles 【抗体デザイン】Transformer で標的抗原に結合する抗体HCDR3をデザインする手法
望みの抗原に結合する CDRH3 を生成する PALM と、エピトープ配列と抗体配列から結合親和性を予測するモデル（A2binder）を紹介します！
Articles 【AlphaFold】AF2が示す新しい相互作用様式、その名も”Ghost interactions”
AlphaFold2 (AF2) を利用して、動きが多い領域でのタンパク質とリガンド（小分子）との相互作用、いわゆる"幽霊相互作用"を明らかにした論文を、紹介します。
Articles 【AlphaFold2】AF2をリガンド結合サイト予測に利用 AF2BINDの実態
AlphaFold2（AF2）のペア表現を利用して、新しいモデルAF2BINDを訓練し、ターゲットとなるタンパク質だけを与えられた場合に、小分子の結合部位を正確に予測する手法を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】酵素の活性予測における生成系AIの活用実績をレビュー
酵素タンパク質のエンジニアリングにおける、生成系AIの活用実績についてレビューした論文を紹介します！
Articles 【RFDiffusion】低分子に対するタンパク質バインダーを計算機で生成して構造予測！
複合体の構造予測やデザインを、非タンパク質性の分子にまで拡張した計算機手法、RoseTTAFold-All-Atom (RFAA) と RFdiffusion All-Atom (RFdiffusionAA) について解説した論文を紹介します！
Articles 【抗体デザイン】多様な Ig ドメインライブラリを計算機で生成してみたところ・・・
安定で構造多様性のある、イムノグロブリンスキャフォールドライブラリを計算機でデザインした論文を紹介します！
Articles 【ProteinMPNN】配列再設計でタンパク質の発現量を改善するコツ
ProteinMPNN を利用した配列再設計で、天然タンパク質の機能や熱安定性、発現量を改善した実施例を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】タンパク質設計のためのコンペティションがついに開催！
タンパク質デザインのコンペティション開催の概要を紹介します！