Articles 【抗体デザイン】反復的にCDR配列を最適化する抗体設計パイプライン NanoDesigner とは
ナノボディのデノボデザインにおいて、従来の dock and optimize アプローチにEMアルゴリズムを適用し設計と構造予測を反復することで、設計の成功確度を高めた設計パイプライン NanoDesignerを紹介します！
2025-10
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Articles 【タンパク質デザイン】拡散モデル・ハルシネーション型両方のタンパク質設計が可能なパイプライン PXDesign について
エンドツーエンドのタンパク質バインダー設計パイプライン、PXDesign を紹介します！
Articles 【活性予測】ディスプレイライブラリの配列データからKDを予測するモデル ProBound とは
高スループットシーケンスデータからタンパク質–リガンド（特に転写因子とDNA）結合の親和性を、物理的に解釈可能な形で推定する新しい機械学習フレームワーク「ProBound」を紹介します！
Uncategorized 【タンパク質デザイン】Institute for Protein Design で活用されているデータフレームワーク AtomWorks を紹介
AtomWorks という高品質なデータ処理とモジュール化されたフレームワークを通じて基盤モデル開発を加速することを目指した研究を紹介します！
Articles 【抗体デザイン】pLM の確率分布からから直接サンプリングする抗体最適化設計手法 ALLM-Ab とは
アクティブラーニング × 言語モデル微調整による抗体最適化フレームワークである ALLM-Ab を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】pAE を利用した BindCraft の次世代手法を紹介！
タンパク質バインダー設計における既存の「ipTM最適化」の限界を改善するために、構造予測モデル（AlphaFold2-Multimer）の信頼度出力をエネルギーベースモデル（EBM）として再解釈し、新しい最適化指標「pTMEnergy」を提案・検証した研究を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】DPO で最適化されたLigandMPNN で配列成功率を２倍に
タンパク質配列設計における「設計可能性（designability）」を直接最適化する新手法を紹介します！
Articles 【抗体デザイン】表面の局所形状をもとに抗体の凝集性を予測する方法
モノクローナル抗体（mAb）の凝集率を高精度で予測する新しい in silico 手法についての研究を紹介します！
Articles 【Baker Lab】デノボデザインタンパク質のハイスループットスクリーニングシステム
高速かつ低コストで多数のタンパク質を発現・精製・特性評価する新規プロトコルを紹介します！
Articles 【バインダーデザイン】RFDiffusion で線形ペプチドのバインダー設計
ポックスウイルスの主要膜タンパク質 F13L を標的に、RFdiffusion を用いて新規ペプチド阻害剤を計算設計した研究です！