Articles 【抗体】インフルエンザ抗体のエピトープを予測する言語モデル mBLM について
抗体データセットに基づく深層学習大規模言語モデルを活用して、抗インフルエンザ HA 抗体の特性理解やエピトープ予測を行う手法を紹介します！
biospace
Articles Articles 【バインダーデザイン】光で結合活性を制御できるDARPinを計算機デザイン
光でバインダーの結合活性を制御する、タンパク質スイッチシステムを紹介します！
Articles 【抗体デザイン】インシリコデザインで、高度な特徴量の解析は不要
言語モデルとファージディスプレイパニングのデータを活用して、抗体の親和性増強のための改変探索を行う手法を紹介します！
Articles アミノ酸配列のみを用いた拡散生成モデルでタンパク質をデザインする手法 EvoDiff とは
タンパク質のアミノ酸情報のみを用いて構築された、タンパク質の拡散生成モデル EvoDiff について紹介します！
Articles 【構造予測】AlphaFold でも変異効果は予測できます
AlphaFold の変異効果予測を、effective strain を指標に捉えることができることを示した論文を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】”ダークマター”タンパク質の実体とデザイン手法について
低解像度の構造モチーフを文字列形式で表現した「Sketch」と、それを設計可能なフォールディングに修正するVAEモデル「Genesis」を活用することで、非天然のデノボ構造（＝ダークマタータンパク質）を設計する手法について紹介します！
Articles 【抗体モデル】最先端の構造予測モデル BALM について
Bio-inspired Antibody Language Model (BALM) と呼ばれる構造予測モデルを紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】ヘリックス・ループの反復骨格構造を利用して、バインダーをデザインする方法
本研究は、DARPins のようなヘリックス・ループの反復構造を骨格としたタンパク質 (RBL) を計算機でデザインした報告を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】合理的にシードを生成するヘリックスバレル構造のデザイン
ヘリックスバンドル構造から新たなヘリックスを接続することで、ヘリックスバレル構造を合理的にデザインする手法を紹介します！
Articles 【タンパク質モデリング】Rosetta では、モデル膜の種類に応じて膜タンパク質の構造を調整できます
Rosetta の膜構造のモデリングフレームワークの改良を報告した論文を紹介します！