Articles 【Rosetta】ヘリックス・ループのタンデム構造をパラメトリックにデザイン
ヘリックス・ループ・ヘリックス・ループのタンデム構造を、パラメトリックにデザインする手法を紹介します。
biospace
Articles Articles 【Rosetta】CCDを利用したループ閉鎖法について紹介！
タンパク質の構造予測時のループ閉鎖に、CCDを適用した手法を紹介します。
Articles 【配列デザイン】CNNでタンパク質の主鎖構造から配列をデザイン
タンパク質の主鎖構造から、深層学習を利用して、配列をデザインする手法について紹介します。
Articles 【バインダーデザイン】MDシミュレーションで生成した訓練データを活用してMonobodyをデザイン
深層生成モデルを利用して、Monobody型のバインダーをデザインする手法"Sculptor"を紹介します。
Uncategorized 【ディスプレイシステム】酵母を使ったlibrary-on-libraryスクリーニング手法を紹介！
酵母ディスプレイシステムを使って、library-on-libraryのスクリーニングをハイスループットに実施する手法を紹介します。
Articles 【遺伝子オントロジー】配列からタンパク質の機能を説明する文書生成技術を紹介！
タンパク質の配列情報から、その機能を説明するテキストを生成する、深層学習モデルについて紹介します。
Articles 【グラフニューラルネットワーク】タンパク質構造をグラフ表現するためのPythonモジュールGrapheinについて
生物学的なデータを機械学習に供するためのグラフ表現を、柔軟かつ簡便におこなうためのPythonライブラリ、Grapheinを紹介した論文です。
Articles 【抗体】新しい深層生成モデルでH3配列をサンプリング
multi-segment preserving samplingという深層生成モデルを提案して、抗体のH3デザインに応用した論文です。
Articles 【AlphaFold】バインダーデザインの精度を向上させるAF2とProteinMPNNの役割
AF2やProteinMPNNを使うことで、バインダーのデザイン精度を向上させることができることを実証しています。
Articles 【BERT】SAR2-CoV-2 binderを深層学習で予測！AlphaSeqデータを用いたモデル学習
SAR2-CoV-2 binderを予測する深層学習モデルについて紹介します。