Articles 【抗体デザイン】BERTとGNNを組み合わせた抗体のデザイン手法、AbBERT-HMPNとは
BERTとHMPNを接続して抗体のH3をデザインする手法、AbBERT-HMPNを紹介した論文を紹介します。
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Articles Articles 【Pre-taining Language Model】抗体の事前学習言語モデルを総括！
抗体に特化した既知の自然言語事前学習モデル（Pre-trained Antibody Language Models, PALM) についてベンチマークし、一般的なタンパク質を訓練データとする事前学習モデル (Pre-trained Protein Language Models, PPLM) との違いについて考察した論文を紹介します。
Articles 【抗体デザイン】抗原に結合するH3をデノボでデザインできる手法が深層学習でついに誕生！
CDRの配列と３次元構造を同時に生成できるモデルMEANを紹介します。
Articles 【Rosetta】モチーフグラフティングの決定版、Rosetta FunFolDesとは
非連続な複数のセグメントモチーフをスキャフォールドに移植できる手法FunFolDesについて解説します。
Articles 【Rosetta】超入門!フラグメントアセンブリによるタンパク質構造予測
モンテカルロサンプリングによりフラグメントをアセンブルする戦略で、タンパク質の構造を予測する手法について紹介します。
Articles 【Rosetta】柔軟に骨格構造にモチーフを移植できるプロトコル、”Fold From Loops”とは
Rosettaで、特定のエピトープ構造をスキャフォールドにグラフトするプロトコル、"Fold From Loops" (FFL)について紹介します。
Articles 【Rosetta】結合モチーフをグラフティングする手法、”MotifGraft mover”を解説
標的タンパク質に対して結合するバインダーペプチドを、スキャフォールドへグラフティングする"MotifGraft mover"について、解説します。
Articles 【Rosetta】テキストファイルひとつでデザインできる！RosettaRemodelというインターフェースについて
Rosettaに実装された、タンパク質をデザインするための統一インターフェースである、RosettaRemodelについて紹介します。
Articles 【Rosetta】Rosettaに実装されているプロトコルを総まとめ！
Rosettaに実装されたツールを目的ごとにまとめたレビュー論文を紹介します。
Articles 【Rosetta】エネルギー関数をdualOptEで最適化
Rosettaで利用されるデフォルトのエネルギー関数（REF2015）の予測精度を評価した論文を紹介します。