Articles 【de novoデザイン】SARS-CoV-2スパイクタンパク質を中和する分子をin silicoでデザイン
in silicoでSARS-CoV-2スパイクタンパク質に対する結合分子をデザインした報告を紹介します。
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Articles Articles 【構造予測】RoseTTAFoldを抗体構造予測に適応すると・・・
タンパク質構造予測のための深層学習モデルRoseTTAFoldを、抗体の構造予測に適応したときの予測精度を、従来のホモロジーモデリング手法と比較評価した論文を紹介します。
Articles 【エピトープ予測】深層学習モデルScanNetで、タンパク質の結合部位を予測
深層学習モデルScanNetを利用して、タンパク質間相互作用の結合部位を予測する方法を紹介します。
Articles 【構造予測】VHH抗体のin silico構造予測手法まとめ
VHHの構造予測手法についての総説を紹介します。
Articles 【ペプチド】ペプチド関連のin silicoツールを網羅してみた
ペプチドに特化して、データベース、構造予測、デザインに関わるin silicoツールについて紹介します。
Articles 【de novo design】タンパク質の主鎖原子構造に着目した「van der Mer」を利用して、低分子に結合するタンパク質をデザイン
タンパク質の主鎖原子構造に着目した「van der Mer」を利用して、「低分子」に結合するタンパク質をde novoデザインした論文を紹介します。
Articles 【de novo design】TERMを組み合わせてバインダーをデザインする方法
「tertiary motifs(TERM)」を組み合わせることで、標的タンパク質に結合する分子をin silicoでデザインする手法を紹介します。
Articles 【de novo design】「Image Outpainting」を応用したタンパク質のデザイン手法を紹介
「Image Outpainting」の手法を利用して、タンパク質をデザインした報告を紹介します。
Articles 【AlphaFold】複合体構造予測手法を利用して、複数のバインダーから高親和性の分子を同定
AlphaFoldを利用して、分子の競合的な結合の確認や、競合分子同士の親和性比較ができることを示した論文を紹介します。
Articles 【de novo design】またしてもタンパク質デザインのレビューを読み解く②
タンパク質のin silico構造予測・デザイン手法をまとめた総説を紹介します。この記事では、デザインを中心に解説します。