Articles 【抗体デザイン】pLM の確率分布からから直接サンプリングする抗体最適化設計手法 ALLM-Ab とは
アクティブラーニング × 言語モデル微調整による抗体最適化フレームワークである ALLM-Ab を紹介します！
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Articles 【タンパク質デザイン】pAE を利用した BindCraft の次世代手法を紹介！
タンパク質バインダー設計における既存の「ipTM最適化」の限界を改善するために、構造予測モデル（AlphaFold2-Multimer）の信頼度出力をエネルギーベースモデル（EBM）として再解釈し、新しい最適化指標「pTMEnergy」を提案・検証した研究を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】DPO で最適化されたLigandMPNN で配列成功率を２倍に
タンパク質配列設計における「設計可能性（designability）」を直接最適化する新手法を紹介します！
Articles 【抗体デザイン】表面の局所形状をもとに抗体の凝集性を予測する方法
モノクローナル抗体（mAb）の凝集率を高精度で予測する新しい in silico 手法についての研究を紹介します！
Articles 【Baker Lab】デノボデザインタンパク質のハイスループットスクリーニングシステム
高速かつ低コストで多数のタンパク質を発現・精製・特性評価する新規プロトコルを紹介します！
Articles 【バインダーデザイン】RFDiffusion で線形ペプチドのバインダー設計
ポックスウイルスの主要膜タンパク質 F13L を標的に、RFdiffusion を用いて新規ペプチド阻害剤を計算設計した研究です！
Articles 【AIエージェント】SARS-CoV-2バインダーを自動で設計する AI エージェントシステムを紹介
大規模言語モデル（LLM）を用いた多エージェントAIシステム「Virtual Lab」により、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の新規ナノボディ（抗体）の設計と実験検証を実現した実施例を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】AF3 から RFDiffusion まで HPC で扱えるコンテナを紹介
AlphaFold3 や RFdiffusion などの実用化を目的とした、コンテナ化とマルチモデル統合プラットフォーム（OmniFold）の開発について解説します！
Articles 【構造予測】フォールドスイッチタンパク質のデザイン
AlphaFold2（AF2）を使ってタンパク質の異なる構造状態（とくにフォールドスイッチ）を予測し、それを安定化させるための変異を設計する手法を紹介します！
Articles 【バインダーデザイン】非天然アミノ酸を有するペプチドバインダーを設計できる EvoBindRare を紹介！
非天然アミノ酸（noncanonical amino acids, NCAAs）を含むタンパク質の構造予測とデザインを目的とした深層学習モデル「RareFold」を紹介します！