Articles 【Rosetta】エネルギー関数をdualOptEで最適化
Rosettaで利用されるデフォルトのエネルギー関数（REF2015）の予測精度を評価した論文を紹介します。
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Articles Articles 【拡散モデル】ベンチャー企業からも拡散モデルを用いたタンパク質デザイン手法が発表！その名は”Chroma”
拡散モデルを用いたタンパク質デザイン手法、Chromaを提案した論文を紹介します。
Articles 【拡散モデル】ついにpico molarオーダーのバインダーをデザイン！ RF diffusionのポテンシャル
拡散モデルを用いたタンパク質デザイン手法 RF diffusionを提案した論文を紹介します。
Articles Rosettaを用いたデノボタンパク質デザイン手法をレビュー
タンパク質のデノボデザインに有用な計算手法について概説されたレビュー論文を紹介します。
Articles 反復らせん構造に基づくペプチドバインダーデザイン
反復したらせん構造の主鎖骨格を使って、ペプチド結合領域をデザインする手法を紹介します。
Articles Rosettaのエネルギー関数まとめ
Rosettaで使用されるエネルギー関数において参照される、各エネルギー項の算出式を主に解説した論文を紹介します。
Articles 抗ウイルス薬の包括的データベースを機械学習で分析
ウイルスに対するワクチン・抗体・化合物の情報を、vitroの活性から知見情報まで、多面的かつ網羅的に格納したデータベースを紹介します。
Articles 深層学習を活用した結合界面予測手法PINetとは
深層学習を活用して、特定のリガンド・レセプター間の相互作用界面領域を予測するための手法、PINetを提案した論文を紹介します。
Articles “Structured interaction motifs”で、抗原抗体相互作用を低次元に表現
Structural interaction motifsと呼称する独自の表現方法で、抗原抗体相互作用の特徴を低次元で効率的に表すことを試みた論文を紹介します。
Articles Graph Attention Networksを利用したエピトープ・パラトープ予測手法 PECAN
筆者らは、抗体と抗原の両方の結合界面（パラトープとエピトープ）を予測できる、グラフニューラルネットワークを利用した深層学習フレームワーク (PECAN) について紹介します。