【タンパク質デザイン】ProteinSolverの使い方

Computational generation of proteins with predetermined three-dimensional shapes using ProteinSolver

STAR Protoc. 2021 Apr 28;2(2):100505.

深層学習を利用した、タンパク質構造予測・デザイン手法をベンチマークしています。

ProteinSolverをウェブサーバで使用する際のプロトコルを記述した論文です。

ProteinSolverは、先日の記事で紹介しました。

近年多数の適応例が公開されている、グラフニューラルネットワークを利用したプロテインデザイン手法です。本論文は、ProteinSolverを実際に使うためのチュートリアルになります。

などが、メインで解説されています。

これらのほか、外部のタンパク質解析ツールの利用や、ウェットでの実験手法についても概要レベルですが解説されています。外部のタンパク質解析ツールは、インシリコデザインしたタンパク質の評価スキームの指針になりますので、どのようなツールが挙がっているか確認するだけでも参考になるでしょう。

以下に本文で言及のあるツールについて、羅列します。