Articles 【グラフニューラルネットワーク】タンパク質構造をグラフ表現するためのPythonモジュールGrapheinについて
生物学的なデータを機械学習に供するためのグラフ表現を、柔軟かつ簡便におこなうためのPythonライブラリ、Grapheinを紹介した論文です。
Articles Articles 【抗体】新しい深層生成モデルでH3配列をサンプリング
multi-segment preserving samplingという深層生成モデルを提案して、抗体のH3デザインに応用した論文です。
Articles 【AlphaFold】バインダーデザインの精度を向上させるAF2とProteinMPNNの役割
AF2やProteinMPNNを使うことで、バインダーのデザイン精度を向上させることができることを実証しています。
Articles 【BERT】SAR2-CoV-2 binderを深層学習で予測！AlphaSeqデータを用いたモデル学習
SAR2-CoV-2 binderを予測する深層学習モデルについて紹介します。
Articles 【抗体デザイン】BERTとGNNを組み合わせた抗体のデザイン手法、AbBERT-HMPNとは
BERTとHMPNを接続して抗体のH3をデザインする手法、AbBERT-HMPNを紹介した論文を紹介します。
Articles 【Pre-taining Language Model】抗体の事前学習言語モデルを総括！
抗体に特化した既知の自然言語事前学習モデル（Pre-trained Antibody Language Models, PALM) についてベンチマークし、一般的なタンパク質を訓練データとする事前学習モデル (Pre-trained Protein Language Models, PPLM) との違いについて考察した論文を紹介します。
Articles 【抗体デザイン】抗原に結合するH3をデノボでデザインできる手法が深層学習でついに誕生！
CDRの配列と３次元構造を同時に生成できるモデルMEANを紹介します。
Articles 【Rosetta】モチーフグラフティングの決定版、Rosetta FunFolDesとは
非連続な複数のセグメントモチーフをスキャフォールドに移植できる手法FunFolDesについて解説します。
Articles 【Rosetta】超入門!フラグメントアセンブリによるタンパク質構造予測
モンテカルロサンプリングによりフラグメントをアセンブルする戦略で、タンパク質の構造を予測する手法について紹介します。
Articles 【Rosetta】柔軟に骨格構造にモチーフを移植できるプロトコル、”Fold From Loops”とは
Rosettaで、特定のエピトープ構造をスキャフォールドにグラフトするプロトコル、"Fold From Loops" (FFL)について紹介します。