deep learning

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【de novoデザイン】抗体骨格構造を生成する深層学習モデルIg-VAEを紹介

抗体構造を計算機デザインする深層学習モデル、Ig-VAEを提案した論文を紹介します。
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【de novoデザイン】拡散モデルを利用したタンパク質デザイン手法を紹介

"Diffusion Probabilistic Models"をタンパク質デザインに応用した手法を提案した論文です。
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【de novoデザイン】GVPによりタンパク質計算機デザインのGNNモデルを改良

Geometric Vector Perceptornsを活用したGNNモデル"GNN-GVP"でタンパク質の計算機デザインをする手法を紹介します。
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【de novoデザイン】GNNモデルの計算機デザイン手法”Structured Transformer”について

GNNモデルをベースのタンパク質計算機デザイン手法、Structured Transformerについて紹介します。
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【de novoデザイン】拡散モデルでタンパク質のスキャフォールドデザインができるProteinSGMを紹介

スコアベースのタンパク質構造生成モデルである、ProteinSGMについて紹介します。
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【de novoデザイン】タンパク質構造を直接座標で生成することができるVAEモデルを紹介

VAEベースのタンパク質構造生成モデルCoordVAEを紹介します。
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【de novoデザイン】TERMsを利用したグラフベースのタンパク質デザイン手法を紹介

既存のGNNモデルにTERMを活用した、タンパク質デザイン手法TERMinatorについて紹介します。
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【de novoデザイン】”inpainting”でタンパク質スキャフォールドをデザインする方法

機能モチーフをグラフティングするスキャフォールドをデザインするための深層学習手法を紹介します。
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オリゴマータンパク質もデザインできる!新しい深層学習デザイン手法ProteinMPNNとは

オリゴマータンパク質にも適用できるタンパク質のバックボーンデザイン手法、ProteinMPNNについて紹介します。
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【抗体デザイン】RNNによる抗体構造予測・デザインツールDeepAbを紹介

抗体構造を予測するための深層学習手法である、DeepAbを紹介します。