design

Articles

【タンパク質デザイン】AF2とESMFoldでデノボデザインタンパク質をスクリーニングするためのコツ

計算機でデザインしたタンパク質を、インシリコでスクリーニングするときの、AF2 や ESMFold の有用性について評価した報告を紹介します!
Articles

【タンパク質デザイン】ベイズ最適化とラボラトリーオートメーションで、タンパク質を効率的に分子進化

ベイズ最適化とロボット工学を利用した、タンパク質の分子進化アルゴリズムを紹介します!
Uncategorized

“graph neural PDE”で抗原結合抗体をデザイン、AbODEについて

抗原結合できる抗体の CDR を、計算機上でデザインできる AbODE という手法を紹介します!
Articles

【抗体デザイン】AfDesignで抗体をデザイン!

AfDesign による "binder hallucination"を、抗体のCDRデザインに適用した事例を紹介します!
Articles

【タンパク質デザイン】配列と構造を同時に生成できるタンパク質デザイン用の拡散モデル ProteinGeneratorについて

拡散モデルを利用したタンパク質生成モデルである ProteinGenerator を紹介します!
Articles

【抗原デザイン】複数回膜貫通タンパク質を可溶型タンパク質としてデザイン、ツール分子のデザインに革命

天然の不溶性のタンパク質を、可溶性のタンパク質として発現できるように、配列を設計し直すための手法を紹介します!
Articles

【タンパク質デザイン】2次構造間に形成されるループの基本原則

タンパク質の2次構造間の配向や、間のループ構造の規則性について言及した論文を紹介します!
Articles

【タンパク質デザイン】構造情報が与えられた言語モデルを用いて、タンパク質デザイン

言語モデルにタンパク質の構造情報を与えることで、タンパク質デザイン(配列設計)に応用できるモデル(LMDesign)について解説します!
Articles

【合成生物学】デノボデザインタンパク質によるロジックゲートの開発

Cage/Keyシステムを利用して、2重抗原陽性細胞を検出するシステム、Co-LOCKR を紹介します!
Articles

【デノボデザイン】バイオセンサータンパク質をデノボデザイン

デノボデザインで、任意のリガンドで活性をON/OFFできるバイオセンサーの開発した報告を紹介します!