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【抗体スクリーニング】不要なエピトープバインダーを取り除くデコイタンパク質デザインのコツ

標的エピトープに結合するバインダーを、優先的にスクリーニングで選抜するための方法論を紹介します!
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【バインダーデザイン】光で結合活性を制御できるDARPinを計算機デザイン

光でバインダーの結合活性を制御する、タンパク質スイッチシステムを紹介します!
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【抗体デザイン】インシリコデザインで、高度な特徴量の解析は不要

言語モデルとファージディスプレイパニングのデータを活用して、抗体の親和性増強のための改変探索を行う手法を紹介します!
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アミノ酸配列のみを用いた拡散生成モデルでタンパク質をデザインする手法 EvoDiff とは

タンパク質のアミノ酸情報のみを用いて構築された、タンパク質の拡散生成モデル EvoDiff について紹介します!
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【タンパク質デザイン】”ダークマター”タンパク質の実体とデザイン手法について

低解像度の構造モチーフを文字列形式で表現した「Sketch」と、それを設計可能なフォールディングに修正するVAEモデル「Genesis」を活用することで、非天然のデノボ構造(=ダークマタータンパク質)を設計する手法について紹介します!
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【タンパク質デザイン】ヘリックス・ループの反復骨格構造を利用して、バインダーをデザインする方法

本研究は、DARPins のようなヘリックス・ループの反復構造を骨格としたタンパク質 (RBL) を計算機でデザインした報告を紹介します!
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【タンパク質デザイン】合理的にシードを生成するヘリックスバレル構造のデザイン

ヘリックスバンドル構造から新たなヘリックスを接続することで、ヘリックスバレル構造を合理的にデザインする手法を紹介します!
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【タンパク質モデリング】Rosetta では、モデル膜の種類に応じて膜タンパク質の構造を調整できます

Rosetta の膜構造のモデリングフレームワークの改良を報告した論文を紹介します!
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【抗体構造予測】AF2 と言語モデルを融合! H3-OPTの構造予測成績を紹介

抗体のH3構造予測の新手法 H3-OPT について報告した論文です。
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【タンパク質デザイン】環状ペプチドのデザインも AfDesign で。

AfDesign を利用して、標的抗原に結合する環状ペプチドをデザインした論文を紹介します!