Articles 【Rosetta】モチーフグラフティングの決定版、Rosetta FunFolDesとは
非連続な複数のセグメントモチーフをスキャフォールドに移植できる手法FunFolDesについて解説します。
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Articles Articles 【Rosetta】超入門!フラグメントアセンブリによるタンパク質構造予測
モンテカルロサンプリングによりフラグメントをアセンブルする戦略で、タンパク質の構造を予測する手法について紹介します。
Articles 【Rosetta】柔軟に骨格構造にモチーフを移植できるプロトコル、”Fold From Loops”とは
Rosettaで、特定のエピトープ構造をスキャフォールドにグラフトするプロトコル、"Fold From Loops" (FFL)について紹介します。
Articles 【Rosetta】結合モチーフをグラフティングする手法、”MotifGraft mover”を解説
標的タンパク質に対して結合するバインダーペプチドを、スキャフォールドへグラフティングする"MotifGraft mover"について、解説します。
Articles 【Rosetta】テキストファイルひとつでデザインできる！RosettaRemodelというインターフェースについて
Rosettaに実装された、タンパク質をデザインするための統一インターフェースである、RosettaRemodelについて紹介します。
Articles 【拡散モデル】ベンチャー企業からも拡散モデルを用いたタンパク質デザイン手法が発表！その名は”Chroma”
拡散モデルを用いたタンパク質デザイン手法、Chromaを提案した論文を紹介します。
Articles 【拡散モデル】ついにpico molarオーダーのバインダーをデザイン！ RF diffusionのポテンシャル
拡散モデルを用いたタンパク質デザイン手法 RF diffusionを提案した論文を紹介します。
Articles Rosettaを用いたデノボタンパク質デザイン手法をレビュー
タンパク質のデノボデザインに有用な計算手法について概説されたレビュー論文を紹介します。
Articles Fold2Seqを抗体デザインに適用
Fold2Seqを抗体デザインに適用した事例を紹介します。
Articles Equivariant Neural Networksで抗体デザインに挑戦
抗原・抗体複合体のドッキング予測とデザインのため、Hierarchical Equivariant Refinement Network (HERN)を提案した論文を紹介します。