GNN

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タンパク質間相互作用の親和性を予測するProAffinity-GNNを紹介

マニュアルでキュレーションした改良データセットを活用して、タンパク質間相互作用の強度を予測するモデルを開発した論文を紹介します!
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【抗体デザイン】GearBind で高親和性抗体の改変探索

インシリコで抗体の親和性を増強する改変を予測するモデル GearBind を紹介します!
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【グラフニューラルネットワーク】タンパク質構造をグラフ表現するためのPythonモジュールGrapheinについて

生物学的なデータを機械学習に供するためのグラフ表現を、柔軟かつ簡便におこなうためのPythonライブラリ、Grapheinを紹介した論文です。
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【抗体デザイン】抗原に結合するH3をデノボでデザインできる手法が深層学習でついに誕生!

CDRの配列と3次元構造を同時に生成できるモデルMEANを紹介します。
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【抗体デザイン】抗体の構造・配列生成を反復的に精緻化する手法、RefineGNNについて

抗体の構造・配列生成を反復的に精緻化する手法、RefineGNNを紹介します。
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【タンパク質デザイン】ProteinSolverの使い方

ProteinSolverをウェブサーバで使用する際のプロトコルを紹介します。
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【de novoデザイン】GNNを利用したタンパク質デザインモデルProteinSolverを解説

グラフニューラルネットワークを利用したタンパク質デザインモデル、ProteinSolverを紹介します。
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【量子コンピュータ】GNNモデルを用いたタンパク質デザインを量子コンピュータで実現?

タンパク質の構造予測問題に対して、量子コンピュータによる解決に適した手法について、紹介します。
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【de novoデザイン】GVPによりタンパク質計算機デザインのGNNモデルを改良

Geometric Vector Perceptornsを活用したGNNモデル"GNN-GVP"でタンパク質の計算機デザインをする手法を紹介します。
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【de novoデザイン】GNNモデルの計算機デザイン手法”Structured Transformer”について

GNNモデルをベースのタンパク質計算機デザイン手法、Structured Transformerについて紹介します。