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タンパク質の「フォールド」から「配列」を生成

タンパク質の「フォールド」から「アミノ酸配列」を予測する手法、Fold2Seqを紹介します。
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【de novoデザイン】ProteinSolverでデザインしたタンパク質をAlphaFold2で構造予測

ProteinSolverを用いてデザインしたタンパク質の評価指標の1つとして、AlphaFold2による予測構造を利用したデザイン事例を紹介します。
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【構造予測】2億個のタンパク質のドメインを自動で分類するツール

タンパク質構造のドメイン分類を効率的に行う手法、DPAM(Domain Parser for AlphaFold Models)について紹介します。
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【PPI】タンパク質間相互作用を予測する深層学習モデルSSnetとは

タンパク質間相互作用を予測する深層学習モデル SSnetを紹介します。
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【構造予測】あのAlphaFoldが、Google Colaboratoryで利用できる

AlphaFold2をGoogle Colaboratory環境で利用できる、ColabFoldについて紹介します。
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【構造予測】RoseTTAFoldを抗体構造予測に適応すると・・・

タンパク質構造予測のための深層学習モデルRoseTTAFoldを、抗体の構造予測に適応したときの予測精度を、従来のホモロジーモデリング手法と比較評価した論文を紹介します。
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【エピトープ予測】深層学習モデルScanNetで、タンパク質の結合部位を予測

深層学習モデルScanNetを利用して、タンパク質間相互作用の結合部位を予測する方法を紹介します。
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【構造予測】VHH抗体のin silico構造予測手法まとめ

VHHの構造予測手法についての総説を紹介します。
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【ペプチド】ペプチド関連のin silicoツールを網羅してみた

ペプチドに特化して、データベース、構造予測、デザインに関わるin silicoツールについて紹介します。
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【AlphaFold】複合体構造予測手法を利用して、複数のバインダーから高親和性の分子を同定

AlphaFoldを利用して、分子の競合的な結合の確認や、競合分子同士の親和性比較ができることを示した論文を紹介します。