Articles Graph Attention Networksを利用したエピトープ・パラトープ予測手法 PECAN
筆者らは、抗体と抗原の両方の結合界面（パラトープとエピトープ）を予測できる、グラフニューラルネットワークを利用した深層学習フレームワーク (PECAN) について紹介します。
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Articles Articles タンパク質の「フォールド」から「配列」を生成
タンパク質の「フォールド」から「アミノ酸配列」を予測する手法、Fold2Seqを紹介します。
Articles 【de novoデザイン】ProteinSolverでデザインしたタンパク質をAlphaFold2で構造予測
ProteinSolverを用いてデザインしたタンパク質の評価指標の1つとして、AlphaFold2による予測構造を利用したデザイン事例を紹介します。
Articles 【構造予測】2億個のタンパク質のドメインを自動で分類するツール
タンパク質構造のドメイン分類を効率的に行う手法、DPAM(Domain Parser for AlphaFold Models)について紹介します。
Articles 【PPI】タンパク質間相互作用を予測する深層学習モデルSSnetとは
タンパク質間相互作用を予測する深層学習モデル SSnetを紹介します。
Articles 【構造予測】あのAlphaFoldが、Google Colaboratoryで利用できる
AlphaFold2をGoogle Colaboratory環境で利用できる、ColabFoldについて紹介します。
Articles 【構造予測】RoseTTAFoldを抗体構造予測に適応すると・・・
タンパク質構造予測のための深層学習モデルRoseTTAFoldを、抗体の構造予測に適応したときの予測精度を、従来のホモロジーモデリング手法と比較評価した論文を紹介します。
Articles 【エピトープ予測】深層学習モデルScanNetで、タンパク質の結合部位を予測
深層学習モデルScanNetを利用して、タンパク質間相互作用の結合部位を予測する方法を紹介します。
Articles 【構造予測】VHH抗体のin silico構造予測手法まとめ
VHHの構造予測手法についての総説を紹介します。
Articles 【ペプチド】ペプチド関連のin silicoツールを網羅してみた
ペプチドに特化して、データベース、構造予測、デザインに関わるin silicoツールについて紹介します。