Articles タンパク質設計における「本当に使えるベンチマーク」とは？FLIP2が示す現実的な課題
タンパク質設計における機械学習の「実用性」を問う新ベンチマークFLIP2の全体像を解説します！
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Articles 抗体と抗原の結合相手を配列から予測する：Contrastive Learning を使った CALM モデル
抗体配列と抗原配列の一次構造のみから、どの抗体がどの抗原に結合するかを予測するための機械学習モデル「CALM」を紹介します！
Articles AlphaFold 3を超える？IsoDDEが切り拓く次世代AI創薬エンジン
構造予測・親和性予測・ポケット同定を統合した、次世代AI創薬エンジンIsoDDEを紹介します！
Articles 全原子レベルでとらえる抗体言語モデルで抗体を最適化する
全原子相互作用モデリングと抗体言語モデルを組み合わせ、抗体予測から最適化までを一貫して行う InterAb / InterAb-Opt を解説しました。
Articles ProtBFFによるタンパク質間結合ΔΔG予測の改善
本論文では、タンパク質間結合自由エネルギー変化（ΔΔG）予測において、既存データセットの問題点を明らかにし、生物物理的特徴を明示的に取り入れる新しい枠組み「ProtBFF」を紹介します！
Articles 400万抗体で検証! FLAb2ベンチマークの結果について
抗体AIはどこまで「開発しやすさ」を見抜けるのか――400万抗体を用いたFLAb2ベンチマークが、その現実的な限界を明らかにした論文です。
Articles 【Boltz】Boltz-2の親和性予測器をタンパク質間相互作用に拡張
構造ベース最先端モデル Boltz-2 を PPI 親和性回帰に適用した論文を紹介します！
Articles 【抗体スクリーニング】MDによる抗体・抗原相互作用のスクリーニング法まとめ
抗体と抗原ペプチド間の結合親和性を計算的に評価する手法の精度と実用性を比較検証した研究を紹介します！
Articles 【抗体デザイン】scFv reformatting の成否を予測するモデル
IgG から scFv へ分子形を変換したときの物性変化を予測するモデルを紹介します！
Articles 【活性予測】ディスプレイライブラリの配列データからKDを予測するモデル ProBound とは
高スループットシーケンスデータからタンパク質–リガンド（特に転写因子とDNA）結合の親和性を、物理的に解釈可能な形で推定する新しい機械学習フレームワーク「ProBound」を紹介します！