protein

Articles

【タンパク質デザイン】部分潜在表現を活用した全原子生成モデル La-Proteina とは

部分潜在表現を活用した全原子生成モデル La-Proteina を紹介します!
Articles

【タンパク質デザイン】Hallucination でバインダーを設計する BindCraft とは

タンパク質バインダー設計パイプライン BindCraft について紹介します!
Articles

【タンパク質デザイン】マルチモーダルモデルで、多状態遷移する機能タンパク質を設計

大規模データで学習した拡散 Transformer により、配列と構造を同時生成し、機能条件を満たす多状態タンパク質まで設計できる ProDiT を紹介します!
Articles

【バインダーデザイン】true binder を選抜する最適な評価指標を探索

デノボタンパク質バインダー設計における「どの設計が実験的に成功するかを予測する指標」を大規模に解析した研究を紹介します!
Articles

【タンパク質デザイン】拡散モデル・ハルシネーション型両方のタンパク質設計が可能なパイプライン PXDesign について

エンドツーエンドのタンパク質バインダー設計パイプライン、PXDesign を紹介します!
Articles

【AIエージェント】SARS-CoV-2バインダーを自動で設計する AI エージェントシステムを紹介

大規模言語モデル(LLM)を用いた多エージェントAIシステム「Virtual Lab」により、新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の新規ナノボディ(抗体)の設計と実験検証を実現した実施例を紹介します!
Articles

【タンパク質デザイン】AF3 から RFDiffusion まで HPC で扱えるコンテナを紹介

AlphaFold3 や RFdiffusion などの実用化を目的とした、コンテナ化とマルチモデル統合プラットフォーム(OmniFold)の開発について解説します!
Articles

【構造予測】フォールドスイッチタンパク質のデザイン

AlphaFold2(AF2)を使ってタンパク質の異なる構造状態(とくにフォールドスイッチ)を予測し、それを安定化させるための変異を設計する手法を紹介します!
Articles

【バインダーデザイン】非天然アミノ酸を有するペプチドバインダーを設計できる EvoBindRare を紹介!

非天然アミノ酸(noncanonical amino acids, NCAAs)を含むタンパク質の構造予測とデザインを目的とした深層学習モデル「RareFold」を紹介します!
Articles

【バインダーデザイン】任意のフォールドをもつタンパク質バインダーを設計できる FoldCraft を紹介

特定の構造フォールド(折りたたみ様式)を持つタンパク質結合分子(バインダー)をディープラーニングで設計する新しい手法「FoldCraft」を紹介します!