Articles AlphaFold 3を超える？IsoDDEが切り拓く次世代AI創薬エンジン
構造予測・親和性予測・ポケット同定を統合した、次世代AI創薬エンジンIsoDDEを紹介します！
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Articles Surf2Spot：構造がなくても使える、表面情報ベースの結合ホットスポット予測モデル
タンパク質の単量体構造から相互作用ホットスポットを予測する深層学習モデル「Surf2Spot」を紹介します！
Articles マルチエージェントとパレート最適化で挑む、構造と機能を両立するタンパク質設計
構造安定性と機能性という相反しやすい設計目標を同時に最適化するために、複数のタンパク質設計モデルを協調させるマルチエージェントフレームワーク「MAProt」を紹介します！
Articles ProtBFFによるタンパク質間結合ΔΔG予測の改善
本論文では、タンパク質間結合自由エネルギー変化（ΔΔG）予測において、既存データセットの問題点を明らかにし、生物物理的特徴を明示的に取り入れる新しい枠組み「ProtBFF」を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】T-cell engager の分子形もインシリコで最適化
高スループット機能アッセイと多目的ベイズ最適化を閉ループ統合し、抗原密度依存 avidity を設計原理として HER2×CD3 TCE の完全選択的活性を実現した論文を紹介します！
Articles 【タンパク質構造予測】モデルの性能を評価するためのベンチマーク FoldBench と各モデルの性能比較結果
all-atom 構造予測モデルを、公平かつ低ホモロジー条件で横断評価するベンチマーク「FoldBench」 と、ベンチマーク結果について紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】PLM や Diffusion モデルを「ガイド」する方法を総まとめ
生成AI（GMPDs: Generative Models for Protein Design）を「望む性質をもつタンパク質を作る方向にコントロールする方法」を体系的に整理したレビューを紹介します！
Articles 【抗体デザイン】Baker 研から pMHC に対する抗体バインダー設計手法が公開
pMHC（peptide–MHC）を標的とする TCR と抗体を計算設計するための新しいフレームワーク ADAPT を紹介します！
Articles 【AI学習】初心者でも学べるAIタンパク質設計手法の教育用ノートブック DL4Proteins とは
AI×タンパク質設計の最先端ツール（RFDiffusion・ProteinMPNN・AlphaFold2 など）を誰でも学べるよう体系化した「教育用ノートブック（10本）」を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】Multi-Step Diffusion による Hallucination デザイン手法 Protein Hunter とは
構造予測モデルのハルシネーション能力を逆利用して、構造と配列を同時に最適化する新しい protein design フレームワーク、Protein Hunter を紹介します！