Articles 【Rosetta】エネルギーランドスケープの重要性と、trRosettaの威力
trRosettaによるタンパク質デザイン手法が、大域的なエネルギーランドスケープに対して最適な構造を提案する能力があることを示した論文を紹介します。
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Articles Articles 【Rosetta】深層学習構造予測モデルtrRosettaの実態
タンパク質構造予測手法のひとつであるtrRosettaと、予測における残基間配向の重要性について紹介します。
Articles 【ドッキング】エピトープ情報を拘束条件に利用した抗VEGFR抗体の複合体予測
事前に同定された抗VEGFR2抗体の複合体構造を、実験データと計算手法を組み合わせて予測した実施例を紹介します。
Articles 【エピトープ予測】深層学習モデルを利用した抗体エピトープ予測手法を解説
抗体のエピトープを、既存の構造データセットを利用した深層学習モデルを活用して、予測する手法を提案している論文を紹介します。
Articles 【ドッキング】実験情報を活用したタンパク質ドッキングシミュレーション手法（原著編）
事前に取得したエピトープ情報をもとに、抗体・抗原複合体構造のドッキングモデルを作成する手法について紹介します。
Articles 【ドッキング】抗体・抗原相互作用における各ドッキングシミュレーション手法の精度を徹底比較
ドッキングシミュレーションの精度検証のためのベンチマークデータセットの作成と、それを用いた各ドッキングアルゴリズムの精度比較検証結果を紹介します。
Articles 【ドッキング】実験情報を活用してドッキング精度を改善
実験データを活用してドッキングシミュレーションの精度を向上する手法について紹介します。
Articles 【ドッキング】最新のドッキング手法を一挙に紹介
CASP-CAPRIの事例を中心に、タンパク質間相互作用を予測するドッキング手法の適応例と精度について紹介します。
Articles 【抗体】従来のカノニカル構造を超える、構造情報を活用した新規CDR分類
抗体(CDR)の新規な分類データセットを紹介した論文を紹介します。
Foldit 【Foldit】HIV-TATペプチド
HIV-TATペプチドをFolditでモデリングしてみました。