Biotechnology 【Uniprot】蛋白質情報の自動取得
はじめに
Uniprotは蛋白質の配列や機能に関する情報を提供する公共データベースです。あらゆる蛋白質の情報が網羅的に格納されています。
Uniprotから多種類の情報を一括して取得したり、プロジェクト特有な解析を行う場合は、...
protein
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Biotechnology アミノ酸配列の分散表現
近年の機械学習の発展に伴い、蛋白質工学においても機械学習の活用事例が増えています。最適なアミノ酸配列の提案や、配列集団のクラスタリングをおこなうために、機械学習の訓練データにアミノ酸配列を利用する際には、一文字表記の列挙文字列を数値ベクト...
Biotechnology 【Human Protein Atlas】ダウンロードできるデータの全貌
前回は、Human Protein Atlas の概要について解説しました。
今回は、データベースからダウンロードできるデータ構造について紹介します。
下のページから zip ファイルをダウンロードすることができま...
Biotechnology 【Human Protein Atlas】概要の紹介
Human Protein Atlas とは
Human Protein Atlas とは、ヒトを中心に様々な器官、組織、細胞ごとに分類されたタンパク質の、発現や局在に関するデータベースです。
2003年からスウェ...
Biotechnology PDBの蛋白質構造を3Dプリンターで出力する方法
PDBで公開されたタンパク質構造を3Dプリンターで出力するためのファイル作成方法について説明します。
Biotechnology Pymolインストール手順(Windows10)
Windows10でPythonの開発環境を整えている際に、オープンソース版Pymolをインストールしたときの備忘録です。
環境
• Windows10 (64 bit)• Python3.7
① Python のインス...