【Rosetta】PyRosettaとJupyter Notebookを活用したRosetta学習ツールの紹介

論文タイトル

PyRosetta Jupyter Notebooks Teach Biomolecular Structure Prediction and Design

出典

Biophysicist (Rockv). 2021 Apr;2(1):108-122.

NCBI - WWW Error Blocked Diagnostic

確認したいこと

PyRosettaの使用方法

要旨

PyRosettaとJupyter Notebookを活用して、Rosettaの利用方法を学べるツールを紹介した論文です。

解説など

先日の記事で、PyRosettaの概要について解説しました。

今回紹介する記事では、PyRosettaとJupyterNotebookを活用して、Rosettaやタンパク質のモデリング・デザインの基礎を学べる学習ツールを紹介しています。下のリンクから、ツール本体にアクセスが可能です。

GitHub - RosettaCommons/PyRosetta.notebooks: Jupyter Notebooks for learning the PyRosetta platform for biomolecular structure prediction and design

Jupyter Notebooks for learning the PyRosetta platform for biomolecular structure prediction and design - RosettaCommons/PyRosetta.notebooks

PyRosetta Jupyter Notebooksは、GoogleColaboratoryで実行できるように実装されているため、ウェブブラウザでのみで学習を進めることができます。学習内容は2部構成となっており、第1部ではPyRosettaの基礎を、第2部では抗体デザインや膜タンパク質モデリングなど高度な応用例を学習することができます。

このようなツールの公開は自身のペースで学習を進めることができるため、様々なスキルバックグラウンドをもつ学習者にとって、とても有益です。学習には、基本的なPythonのプログラミングスキルがあることが望ましいです。講師側は、パブリックリポジトリからnotebookをフォークすることで、教材にオリジナルな要素を加えることが可能です。プルリクエストすれば、RosettaCommonsメンバーの承認によって、変更をメインリポジトリに反映することもできます。

pdfなどで共有された教材はこれまでにもいくつかあったと思いますが、計算科学のような分野においては、本コンテンツのように、理論とツールがセットになっていることが望ましいと思います。興味のある方は、サイトをご覧になってはいかがでしょうか。