抗体配列構造解析ツール(ANARCI)の使い方

ANARCIとは

抗体の可変領域の構造は、IMGT, Kabat, AHo, Chothiaなどアミノ酸残基のナンバリングスキームにより定義されています。ANARCIはナンバリングのアノテーションがないアミノ酸配列の文字列を、各ナンバリングスキームにアサインすることができるオープンソースのソフトウェアです。

SAbPred: ANARCI
opig.stats.ox.ac.uk

ANARCIはブラウザ上で入力フォームに配列を渡し実行することもできますが、この方法ではバッチ処理できる配列数に限界があります。一方で、ANARCIはPythonに実装されモジュールが公開されているため、これを使えば、配列の前処理やナンバリング後のデータ解析をシームレスに実行することができます。ここではこのツールの実行方法について解析します。

インストール手順

ANARCIの実行に必要な環境は以下のとおりです。

• OS: Linux (検証済み Ubuntu 16.04)
• Python 2.7+
• HMMER3 (version 3.1+ recommended)

下2つはサイトにも記載されているのですが、大事なのはWindows OSにはインストールできないことです。Docker Desktop for Windowsからubuntuイメージ上でインストールしてみたり、仮想環境での実行を試みたのですがうまくいきませんでした。Macでは検証したことがありません。

Linux, Python のインストール方法については、他に譲るとしてHMMERのインストール手順について触れておきます。以下のリンクにHMMERの.tar.gzファイルがありますので、ターミナルから下記のコードを実行しインストールします。

Index of /software/hmmer
eddylab.org
 
wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer-3.3.tar.gz \
    && tar zxf hmmer-3.3.tar.gz \
    && cd hmmer-3.3 \
    && ./configure --prefix /build \
    && make \
    && make check \
    && make install \
    && cd .. \
    && rm -rf hmmer-3.3.tar.gz \

最後にANARCIをインストールしましょう。以下のURLからgit cloneして.pyファイルをインストールすれば完了です。

git clone http://github.com/oxpig/ANARCI.git
cd ANARCI && python setup.py install

実行手順

READMEにコマンドや引数について説明されています。

GitHub - oxpig/ANARCI: Antibody Numbering and Antigen Receptor ClassIfication
Antibody Numbering and Antigen Receptor ClassIfication - oxpig/ANARCI
github.com

ANARCI -i <配列>　で渡した配列に対する抗体構造を出力することができます。

利用できる引数は以下のとおりです。

-i入力する配列またはfastaファイルを指定
-o出力先のファイル名を指定
–csvcsv形式で出力
-sナンバリングスキームを指定
(kabat, aho, wolfguy, imgt, a, c, chothia, i, k, m, w, martin)
-r解析する抗体鎖型を指定
(ig, tr, heavy, light, H, K, L, A, B)
–assign_germline各配列に対してv/j ジャームラインを出力
–use_speciesジャームラインのアサインに使用する動物種を指定

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