【タンパク質デザイン】AF3 から RFDiffusion まで HPC で扱えるコンテナを紹介

Protein structure prediction and design for high-throughput computing

AlphaFold3 や RFdiffusion といった最新のタンパク質構造予測・設計アルゴリズムの実用化・スケーラビリティの向上を目的とした、コンテナ化とマルチモデル統合プラットフォーム（OmniFold）の開発について解説しています。

本研究の主な貢献は、下記２つです。

1.に関しては、次のアルゴリズムそれぞれのビルドイメージを提供しています。

それぞれ x86 および ARM アーキテクチャに対応しています。各コンテナは Sylabs の Cloud Library 上に公開されており、singularity pull コマンドでダウンロード可能です。

2.の OmniFold とは、複数の構造予測モデル（AlphaFold3, Chai-1, Boltz-2）を並列実行し、統一的に品質管理するプラットフォームです。OmniFold には次のような特徴があります。

コードはこちらから。