Articles 生成AI「Origin-1」による de novo 抗体設計の実証研究
ゼロ情報エピトープに対する抗体設計という難題に、生成AIでどこまで迫れるのかを実験的に示した研究を、初学者向けに解説します！
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Articles ProtBFFによるタンパク質間結合ΔΔG予測の改善
本論文では、タンパク質間結合自由エネルギー変化（ΔΔG）予測において、既存データセットの問題点を明らかにし、生物物理的特徴を明示的に取り入れる新しい枠組み「ProtBFF」を紹介します！
Articles 400万抗体で検証! FLAb2ベンチマークの結果について
抗体AIはどこまで「開発しやすさ」を見抜けるのか――400万抗体を用いたFLAb2ベンチマークが、その現実的な限界を明らかにした論文です。
Articles 【抗体デザイン】contrastive learning を活用した反復抗体設計手法 HyperBind2 を紹介
「失敗から賢くなる抗体探索プロセス」を実現する抗体設計モデル HyperBind2 を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】T-cell engager の分子形もインシリコで最適化
高スループット機能アッセイと多目的ベイズ最適化を閉ループ統合し、抗原密度依存 avidity を設計原理として HER2×CD3 TCE の完全選択的活性を実現した論文を紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】デノボデザインの統合パイプライン Ovo の構想とは
Ovo という、RFdiffusion 時代の de novo タンパク質設計を「個人芸」から「再現可能な工学プロセス」へ昇格させるための実践的オープンソース基盤を紹介します！
Articles 【抗体デザイン】抗体最適化のための強化学習最新手法を紹介！
可変長CDRインフィリングが可能な抗体LLM（IgLM）に、オンラインRL（PPO+KL）とオフラインRL（DRO）を統合し、「構造指標」と「実験データ」の両方で機能最適化できる枠組みを紹介します！
Articles 【タンパク質デザイン】PROTACのデノボデザイン事例を紹介
de novo 設計した小型タンパク質を タンパク質版 PROTAC として使い、BCL-xL を細胞内で分解し、アポトーシスを誘導できることを実証した論文を紹介します！
Articles 【抗体デザイン】Sparse Autoencoder (SAE) を利用して抗体 LLM の理解を深める
抗体言語モデル（p-IgGen）の内部表現を Sparse Autoencoder（SAE）で分解することで、「解釈できる特徴」と「生成を実際に制御できる特徴」は別物であることを示した論文を紹介します！
Articles 【抗体デザイン】抗体特化のPLMは、その他のモデルと何が違うのか
Protein Language Model（PLM）の「アーキテクチャや事前学習の違い」が、抗体特異的な生物学的特徴（CDR、V遺伝子、SHMなど）をどのようなバイアスとして学習させているのか？という問いに答える検証結果を紹介します！