Articles ESMFold2を使って10〜20分でナノボディを設計する ― EasyNanoが目指すエピトープ標的CDRデザイン
ESMFold2の距離分布予測を利用して特定エピトープに結合するナノボディCDRを約10〜20分で設計する、高速な計算抗体設計手法「EasyNano」を紹介します！
Warning: Undefined variable $author in /home/c0220561/public_html/biospace.info/wp-content/themes/cocoon/functions.php on line 131
biospace
Articles 
Articles 拡散モデルはタンパク質相互作用の「エネルギー」を学習しているのか？― DFMDockから学習エネルギーを取り出す試み
拡散モデルが内部で学習している「確率」をエネルギーとして読み出し、タンパク質ドッキング評価へ活用できる可能性を示した興味深い研究です！
Articles AgentPLM：タンパク質言語モデルを「エージェント化」して設計中に構造評価を取り込む新しいタンパク質デザイン手法
タンパク質言語モデルが設計途中で構造予測や安定性評価ツールを利用できるようにした新しいエージェント型タンパク質設計手法 AgentPLM を紹介します！
Articles 抗体は成熟すると硬くなるのか？― 抗原タンパク質には剛直化、糖鎖には柔軟化という新しい法則
抗体成熟では一律な剛直化が起こるのではなく、タンパク質認識部位は硬くなり、糖鎖認識部位は柔軟になるという新しいダイナミクス原理を示した研究です。
Articles 大規模抗体言語モデル「AbLingua」による構造を意識した抗体表現学習 ― 抗体工学のための新たな基盤モデル
4億件の抗体配列で学習した大規模抗体言語モデル「AbLingua」を解説します。独自のトリペプチド表現とスケーリング戦略によって、パラトープ予測、中和能予測、抗体設計など幅広い抗体工学タスクへの応用可能性を示した研究です！
Articles 言語モデルがタンパク質生物学の「世界モデル」を実現 ― ESMC・ESMFold2による構造予測・分子設計・生物学マッピング
28億配列で学習した大規模タンパク質言語モデルを基盤として、構造予測・抗体設計・タンパク質設計・68億配列規模の生物学マッピングを統合的に実現した研究を紹介します！
Articles インテグリン非依存的にTie2を活性化するデノボ設計タンパク質の開発
RFdiffusionを用いて設計されたTie2特異的ミニバインダーH8mbが、インテグリン非依存的にTie2を活性化し、血管バリア機能の改善とARDSモデルマウスの生存率向上を示した研究を紹介します！
Articles 巨大実験データで進化したタンパク質安定性予測―― 180万件規模の測定データから生まれた「ESM3ΔG」「SaProtΔG」
180万件規模の実験データを使って、タンパク質の絶対安定性を高精度に予測する「ESM3ΔG」「SaProtΔG」を開発した研究を解説します！
Articles LLMとE(3) GNNを組み合わせた統合型タンパク質結合部位予測Webサーバー「xBind」
ESM-2とE(3)-equivariant GNNを組み合わせ、protein–protein、DNA、RNA結合部位を統合的に予測するWebサーバー「xBind」を解説します！
Articles アビディティを数式で理解する：サイトカインと抗体の多価結合を統一的に記述する理論モデル
多価結合の「アビディティ」を、抗体とサイトカインに共通する数式として定義し、受容体密度や共発現がシグナル感受性をどう変えるかを、単一細胞・空間データまで接続して説明した理論研究を紹介します！