Articles タンパク質拡散モデルの「構造」と「性質」は同時に最適化されない？──DPOによるダイナミクス分解と崩壊メカニズム
タンパク質生成において「構造はすぐ整い、物性はゆっくり最適化される」という新しい理解と、その先にある崩壊現象を解き明かした研究を紹介します！
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Articles Masked Language Modelをどう使いこなすか？抗体設計におけるサンプリング戦略の重要性
抗体設計において「モデルよりサンプリングが重要」という視点を提示した、実践的かつ示唆に富む研究を紹介します！
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タンパク質のリード最適化を自動化する機械学習システム「CRADLE-1」の仕組みと実験結果を解説します！
Articles 抗体と抗原の結合相手を配列から予測する：Contrastive Learning を使った CALM モデル
抗体配列と抗原配列の一次構造のみから、どの抗体がどの抗原に結合するかを予測するための機械学習モデル「CALM」を紹介します！
Articles 抗体–抗原構造予測の信頼性を検証した大規模ベンチマーク
ナノボディ–抗原複合体の大規模ベンチマークを構築し、AlphaFold3などの最新モデルの信頼度スコアが実際の結合特異性と相関するかを検証した論文を解説します！
Articles AlphaFold 3 を最大70倍高速化する「AlphaFast」：GPUでMSAを高速生成する新パイプライン
AlphaFold 3 の最大ボトルネックである MSA生成を GPU で高速化する「AlphaFast」の仕組みと性能を、論文内容に基づいて解説します！
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生体分子に結合するタンパク質を汎用的に設計するために、マルチモーダルタンパク質言語モデルを拡張したEiRAを提案しています！
Articles ナノボディ構造予測における「HCDR3ブループリント」と「非カノニカルジスルフィド結合」の重要性
HCDR3の配置様式と非カノニカルジスルフィド結合に着目し、ナノボディ構造予測の「離散的制約」を明示的に組み込んだ軽量モデルNbForgeを解説します！
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機械学習で設計した数千のミニプロテインをmRNAディスプレイと酵母ディスプレイで比較し、両者の特性と選択バイアスを明らかにした研究です！
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構造予測・親和性予測・ポケット同定を統合した、次世代AI創薬エンジンIsoDDEを紹介します！