Articles 【抗体デザイン】BERTとGNNを組み合わせた抗体のデザイン手法、AbBERT-HMPNとは
BERTとHMPNを接続して抗体のH3をデザインする手法、AbBERT-HMPNを紹介した論文を紹介します。
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Articles Articles 【Pre-taining Language Model】抗体の事前学習言語モデルを総括！
抗体に特化した既知の自然言語事前学習モデル（Pre-trained Antibody Language Models, PALM) についてベンチマークし、一般的なタンパク質を訓練データとする事前学習モデル (Pre-trained Protein Language Models, PPLM) との違いについて考察した論文を紹介します。
Articles 【抗体デザイン】抗原に結合するH3をデノボでデザインできる手法が深層学習でついに誕生！
CDRの配列と３次元構造を同時に生成できるモデルMEANを紹介します。
Articles “Structured interaction motifs”で、抗原抗体相互作用を低次元に表現
Structural interaction motifsと呼称する独自の表現方法で、抗原抗体相互作用の特徴を低次元で効率的に表すことを試みた論文を紹介します。
Articles Fold2Seqを抗体デザインに適用
Fold2Seqを抗体デザインに適用した事例を紹介します。
Articles 深層学習だけで、HCDR3の構造を予測
抗体のHCDR3構造を、配列から予測するための手法 SimpleDH3を提案している論文を紹介します。
Articles 非特異結合抗体をファージディスプレイで分類する方法
ファージディスプレイから取得した配列データをもとに、深層学習モデルを用いて、非特異結合抗体を分類する手法を紹介します。
Articles Equivariant Neural Networksで抗体デザインに挑戦
抗原・抗体複合体のドッキング予測とデザインのため、Hierarchical Equivariant Refinement Network (HERN)を提案した論文を紹介します。
Articles 【抗体デザイン】深層学習を利用した抗体のヒト化モデルBioPhiとは
抗体のヒト化スコアの算出と、ヒト化デザインを計算機で行うためのプラットフォームBioPhiを紹介しています。
Articles 【抗体デザイン】”Active Learning”を使って抗体設計に挑戦
抗体工学の予測・生成モデルに"active learning"を利用した実施例です。