Articles 【タンパク質デザイン】突然変異の効果をインシリコで予測しやすいタンパク質の特徴とは タンパク質の突然変異の効果を予測しにくい構造的特徴について紹介します! 2023.12.06 Articles
Articles 【RFDiffusion】低分子に対するタンパク質バインダーを計算機で生成して構造予測! 複合体の構造予測やデザインを、非タンパク質性の分子にまで拡張した計算機手法、RoseTTAFold-All-Atom (RFAA) と RFdiffusion All-Atom (RFdiffusionAA) について解説した論文を紹介します! 2023.11.13 Articles
Articles 【ProteinMPNN】配列再設計でタンパク質の発現量を改善するコツ ProteinMPNN を利用した配列再設計で、天然タンパク質の機能や熱安定性、発現量を改善した実施例を紹介します! 2023.11.07 Articles
Articles 【バインダーデザイン】光で結合活性を制御できるDARPinを計算機デザイン 光でバインダーの結合活性を制御する、タンパク質スイッチシステムを紹介します! 2023.10.14 Articles
Articles アミノ酸配列のみを用いた拡散生成モデルでタンパク質をデザインする手法 EvoDiff とは タンパク質のアミノ酸情報のみを用いて構築された、タンパク質の拡散生成モデル EvoDiff について紹介します! 2023.10.10 Articles
Articles 【タンパク質デザイン】”ダークマター”タンパク質の実体とデザイン手法について 低解像度の構造モチーフを文字列形式で表現した「Sketch」と、それを設計可能なフォールディングに修正するVAEモデル「Genesis」を活用することで、非天然のデノボ構造(=ダークマタータンパク質)を設計する手法について紹介します! 2023.10.03 Articles
Articles 【タンパク質デザイン】ヘリックス・ループの反復骨格構造を利用して、バインダーをデザインする方法 本研究は、DARPins のようなヘリックス・ループの反復構造を骨格としたタンパク質 (RBL) を計算機でデザインした報告を紹介します! 2023.09.26 Articles
Articles 【タンパク質デザイン】合理的にシードを生成するヘリックスバレル構造のデザイン ヘリックスバンドル構造から新たなヘリックスを接続することで、ヘリックスバレル構造を合理的にデザインする手法を紹介します! 2023.09.23 Articles
Articles 【タンパク質モデリング】Rosetta では、モデル膜の種類に応じて膜タンパク質の構造を調整できます Rosetta の膜構造のモデリングフレームワークの改良を報告した論文を紹介します! 2023.09.20 Articles