3D model 【今週のタンパク質】Linkern
格言
The brave men, living and dead, who struggled here, have consecrated it far above our poor power to add or to det...
protein
3D model 3D model 【今週のタンパク質】往年の。
アミノ酸配列
「PEN PINEAPPLE APPLE PEN」
構造モデル
出力結果
短いペプチド鎖の中に、プロリンが７つ。
この長さでは珍しく、α-ヘリックス構造をとらない様子。
3D model 【今週の構造】為せば成る
アミノ酸配列
「WHERE THERE IS A WILL, THERE IS A WAY」
構造モデル
出力結果
「為せば成る 為さねばならぬ何事も 為らぬは人の為さぬなりけり」
子どもの頃...
Biotechnology 【Uniprot】蛋白質情報の自動取得
はじめに
Uniprotは蛋白質の配列や機能に関する情報を提供する公共データベースです。あらゆる蛋白質の情報が網羅的に格納されています。
Uniprotから多種類の情報を一括して取得したり、プロジェクト特有な解析を行う場合は、...
Biotechnology アミノ酸配列の分散表現
近年の機械学習の発展に伴い、蛋白質工学においても機械学習の活用事例が増えています。最適なアミノ酸配列の提案や、配列集団のクラスタリングをおこなうために、機械学習の訓練データにアミノ酸配列を利用する際には、一文字表記の列挙文字列を数値ベクト...
Biotechnology 【Human Protein Atlas】ダウンロードできるデータの全貌
前回は、Human Protein Atlas の概要について解説しました。
今回は、データベースからダウンロードできるデータ構造について紹介します。
下のページから zip ファイルをダウンロードすることができま...
Biotechnology 【Human Protein Atlas】概要の紹介
Human Protein Atlas とは
Human Protein Atlas とは、ヒトを中心に様々な器官、組織、細胞ごとに分類されたタンパク質の、発現や局在に関するデータベースです。
2003年からスウェ...
Biotechnology PDBの蛋白質構造を3Dプリンターで出力する方法
PDBで公開されたタンパク質構造を3Dプリンターで出力するためのファイル作成方法について説明します。
Biotechnology Pymolインストール手順(Windows10)
Windows10でPythonの開発環境を整えている際に、オープンソース版Pymolをインストールしたときの備忘録です。
環境
• Windows10 (64 bit)• Python3.7
① Python のインス...