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現在の結合親和性予測モデルは、どんな特徴を学習しているのか

結合親和性予測のための既存の機械学習モデルが、どのような特徴量を用いて親和性を予測しているのか、そのメカニズムについて解析した論文を紹介します!
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【RFDiffusion】バインダーデザインにおけるAF2スクリーニングのコツ

RFDiffusionでバインダーデザインするときのコツを紹介します!
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タンパク質言語モデルの民主化:効率的なパラメータファインチューニング

タンパク質言語モデルに対するパラメータ効率的なファインチューニング手法を紹介します!
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Umolによる配列情報からのタンパク質-リガンド複合体の構造予測

Umol は、タンパク質の配列とリガンドを表す SMILES 文字列から、タンパク質-リガンド複合体の全原子構造を予測する AI システムを紹介します!
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多重配列アラインメントを使用しないタンパク質構造予測の新手法

PLM と AlphaFold の手法を活用したタンパク質構造予測モデル HelixFold を紹介します!
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【タンパク質デザイン】リガンドペプチドでタンパク質の集積化を誘導

リガンドペプチドの結合によって、タンパク質間の集積化を誘導できるタンパク質のデザイン事例を紹介します!
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【タンパク質デザイン】Chroma のコードが公開されました!

タンパク質のデザイン手法 Chroma の公開コードについて紹介します!
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【タンパク質デザイン】突然変異の効果をインシリコで予測しやすいタンパク質の特徴とは

タンパク質の突然変異の効果を予測しにくい構造的特徴について紹介します!
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【RFDiffusion】低分子に対するタンパク質バインダーを計算機で生成して構造予測!

複合体の構造予測やデザインを、非タンパク質性の分子にまで拡張した計算機手法、RoseTTAFold-All-Atom (RFAA) と RFdiffusion All-Atom (RFdiffusionAA) について解説した論文を紹介します!
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【ProteinMPNN】配列再設計でタンパク質の発現量を改善するコツ

ProteinMPNN を利用した配列再設計で、天然タンパク質の機能や熱安定性、発現量を改善した実施例を紹介します!