【抗体スクリーニング】不要なエピトープバインダーを取り除くデコイタンパク質デザインのコツ

論文タイトル

A general approach for selection of epitope-directed binders to proteins

出典

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.10.24.513434v2

要旨

標的エピトープに結合するバインダーを、優先的にスクリーニングで選抜するための方法論を紹介した論文です。

解説など

筆者らは、ファージディスプレイ法で抗体をスクリーニングする際に有用な、エピトープ指向のセレクション方法を開発しています。具体的には、標的抗原の狙いたいエピトープをアラニン残基で置換したデコイタンパク質をデザインして、それをネガティブセレクション用の抗原に使用することで、望まないバインダーを取り除く方法です。これだけだと、新規性は乏しいのですが、筆者らはデコイデザインのために、抗原のどのポジションに変異を導入すべきかを、構造統計的に分析しているのが特徴です。

まず、AbDb から取得できる、およそ 1,200 種類の抗原・抗体複合体構造を対象に分析を行いました。そこから得られた知見は次のとおりです。