論文タイトル
Precise, Specific, and Sensitive De Novo Antibody Design Across Multiple Cases
Precision at Every Scale: Efficiency in AI-Driven De Novo Antibody Design
出典
Just a moment...
www.biorxiv.org
Just a moment...
www.biorxiv.org
要旨
GaluxDesign プラットフォームによる 抗体デザイン検証事例を紹介しています。
解説など
本記事では2報を同時に紹介します。どちらも GaluxDesign という抗体生成モデルの性能を紹介しています。GaluxDesign は韓国のバイオスタートアップ Galux が開発したモデルです。
標的抗原構造を入力して、標的に結合するVH/VL２本鎖のFv構造と配列をデノボで生成することができます。コードは公開されておらず、アーキテクチャの詳細は不明ですが、以下の工程からパイプラインが構成されていることが推測できます。
- Epitope 指定に基づき、Fv を de novo 生成できる
- RFdiffusion-like module
- 高精度の抗体ループ構造予測モデルを内部に持つ
- IgFold/AF2系強化モデル
- Library-scale（10⁶ clones）と Precision-scale（50 clones）両方の探索モード
- 大規模生成と広域フィルタリング
- 少数生成と高精度ランキング
- 多目的スコアリング（in silico ranking）を持つ
- ターゲット接触スコア
- エピトープ整合性
- 構造安定性
- developability
- オフターゲット予測
- 上記複数指標で TOP50 を選抜
各工程で既存手法のアーキテクチャを参考にしつつも独自のモデルを開発しています。１番目の論文では、3. における Library-scale でのスクリーニング事例を、２番目の論文では、Precision-scale の成果を報告しています。Precision-scale のスクリーニングするためのキーポイントは多目的スコアリングです。おそらく1,000~10,000 程度のFv構造をスクリーニングで50まで絞っています。多目的スコアリングですが、各スコアの線形結合ではなく、MLPなどで統合している可能性が高いと感じます。
結果として、Precision-scale であっても８標的中７標的で高活性のバインダーを取得できることを報告しています。
