【タンパク質構造解析】タンパク質構造の予測手法を総まとめ

Protein structural motifs in prediction and design

Curr Opin Struct Biol. 2017 Jun;44:161-167.

タンパク質の構造予測とデザインにおける、モチーフライブラリーの活用について、レビューされています。

先日記事にした、ペプチド構造予測に関するレビューとは異なり、あくまでタンパク質全体の構造予測やデザインに対して、モチーフライブラリーを利用することを主眼においた内容です。

従って、以下の記事における、フラグメントアセンブル法に合致する内容ということになります。

本記事では、タンパク質の構造予測にフォーカスして、内容を解説していきたいと思います。ハイライトは図１です。本論文で紹介される、6つのフラグメントベースの構造予測手法と、その特徴が図示されています。その6つとは、以下のとおりです。

それぞれについて、以下の種類の、どの構造をライブラリーとしてカバーしているかで、おおまかに特徴が分類されています。

ちなみに本論文の著者は、TERMsの開発チームであるため、これらの項目のいずれにも当てはまるように示されています。

この手のレビューをいくつか読んでみると、進化学や物理学に触れる内容が多く、基礎知識が不足していたり、具体的な研究手法がイメージできなかったこともあり、文章全体のストーリーが不明瞭な印象でした。この点、本論文は、主眼がぶれずに、予測手法を順序よく解説されているように感じます。