【レビュー】タンパク質のde novoデザインのプレイヤー・市場動向まとめ

論文タイトル

Arming Yourself for The In Silico Protein Design Revolution

出典

Trends Biotechnol. 2021 Jul;39(7):651-664.

Arming Yourself for The In Silico Protein Design Revolution - PubMed
Proteins mediate many essential processes of life to a degree of functional precision unmatched by any synthetic device. While engineered proteins are currently...
pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

確認したいこと

深層学習を利用した、タンパク質構造予測・デザイン手法をベンチマークしています。

要旨

タンパク質のインシリコ構造予測やデザインについて、解説したレビューです。

章立て

  1. コンピュータによるタンパク質デザインの市場と、デザイン空間
  2. 基礎：タンパク質デザインのためのツール
    1. 構造予測
    2. 相互作用予測
    3. 分子動力学シミュレーション
  3. タンパク質デザイン
    1. 現在：タンパク質工学
    2. 未来：デノボタンパク質デザイン
    3. 可能性は？
  4. 最近の進展と、現在の課題
    1. パラメトリックタンパク質デザイン
    2. ビッグデータと、タンパク質デザイン
  5. タンパク質工学の商業化と、タンパク質デザイン企業の出現
  6. 私たちと、デザイナータンパク質の間にあるものとは
    1. タンパク質製造と試験のコスト
    2. インシリコツールの信頼性
    3. 合成タンパク質の展開性
    4. 規制・倫理
    5. 専門知識と計算機の利用可能性
  7. 結言

解説など

タンパク質デザインにまつわる情報を、多角的に盛り込んだレビュー論文です。

具体的な手法についての記述は相対的に少なめで、その分、

  • 市場
  • 取り組み企業
  • 周辺技術（遺伝子合成など）
  • 規制・倫理

などについて、一通り言及しているのが特徴です。

タンパク質デザインに取り組んでいる企業は、表に図示されまとめられていて、大変重宝します。ホームページ上では、各社具体的な手法を開示していないケースが多いため、ここに記載されている情報だけでも、十分価値があると思います。

やはりパラメータ化の容易な、２次構造リッチなタンパク質のデザインでないと難しいというのが、現在の立ち位置であると感じます。

追加調査したいこと

タンパク質のデザインに関連するツールとして、Rosetta Suiteは有名ですが、本論文では代替ツールとして、Intelligent System for Analysis, Model Building and Rational Design (ISAMBARD)が紹介されていました。Rosettaとの違いが理解できる資料があれば、確認してみたいと思います。

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