【バインダーデザイン】生理活性ペプチドに結合するバインダーデザイン手法を徹底比較

論文タイトル

De novo design of high-affinity protein binders to bioactive helical peptides

出典

De novo design of high-affinity protein binders to bioactive helical peptides

Many peptide hormones form an alpha-helix upon binding their receptors–, and sensitive detection methods for them could contribute to better clinical management...

確認したいこと

深層学習を用いたバインダーデザイン手法をベンチマークしています。

要旨

生理活性ペプチドに対するバインダーを、デノボでデザインした手法を紹介しています。

解説など

David Baker研からのレポートです。この論文では、αヘリックス構造を有する生理活性ペプチドに対するバインダーのデノボデザイン手法を報告しています。筆者らはこの目的を達成するために、以下の複数の手法をバインダーデザインに適用しています。

parametric design
RF joint
hallucination
RF diffusion

第一のパラメトリックデザインにおいて、デザインするバインダーのスキャフォールドは、ヘリックスバンドル構造を選択しています。これはバンドル構造に、αヘリックスに適合する溝を形成することができるためです。この溝を形成するため、Crickパラメタリゼーション法を用いて、スキャフォールドライブラリからサンプリングを行いました。この手法でデザインされたバインダーはμMオーダーの親和性を有していたとのことです。

次に、筆者らはパラメトリックデザインで生成されたバインダーをRF jointに適用しました。RF jointは望むインターフェースモチーフに適合するスキャフォールドをRosettaFoldで生成することができる手法です。