論文タイトル
Design of Cyclic Peptides Targeting Protein-Protein Interactions using AlphaFold
出典
Design of Cyclic Peptides Targeting Protein-Protein Interactions using AlphaFold
More than 930,000 protein-protein interactions (PPIs) have been identified in recent years, but their physicochemical properties differ from conventional drug t...
www.biorxiv.org
確認したいこと
深層学習を用いたタンパク質デザイン手法をベンチマークしています。
要旨
AfDesign を利用して、標的抗原に結合する環状ペプチドをデザインした論文です。
解説など
過去の記事で AfDesign を利用した抗体デザイン手法について取り上げました。
本研究は、同種の方法で、抗原に結合する環状ペプチドをデザインした実施例になります。
最近、AF2のポジショナルエンコーディングとして、環状のオフセットを利用することができるようになりました。これによって、環状ペプチドを正確に予測することができるようになっています。本手法は、これをAfDesignに応用した研究事例です。
Sergey氏が公開しているAfDesignのアルゴリズムはバージョンアップが進んでおり、2022.12には、v1.1.1として、v2.3.0の AF-multimer に更新されるなど、精度向上が見込まれています。
ColabDesign/af at main · sokrypton/ColabDesign
Making Protein Design accessible to all via Google Colab! - sokrypton/ColabDesign
github.com
実際に、過去のアルゴリズムと比較すると、可溶性の問題も改善されたそうです。筆者らは、過去に可溶性を改善した改良法を開発されていますが、本研究では、AfDesign の v1.1.1 を使用したとのことです。
Solubility-Aware Protein Binding Peptide Design Using AlphaFold - PubMed
New protein-protein interactions (PPIs) are identified, but PPIs have different physicochemical properties compared with conventional targets, making it difficu...
pubmed.ncbi.nlm.nih.gov
評価はインシリコのデータまでで、pLDDTが90を超えるペプチドのデザインに成功しています。
コメント