論文タイトル
The Damietta Server: a comprehensive protein design toolkit
出典
The Damietta Server: a comprehensive protein design toolkit
Abstract. The growing importance of protein design to various research disciplines motivates the development of integrative computational platforms that en
dx.doi.org
要旨
タンパク質デザイン用途のウェブブラウザアプリ Damietta Server を紹介した論文です。
解説など
タンパク質デザインツールとしては、珍しいブラウザアプリの紹介です。
筆者らが紹介する Damietta Server では、PDBファイルの読み込みから始まり、以下のタスクを実行することが可能です。
- Side chain repacking
- Single-point mutagenesis
- Combinatorial sampler
- Symmetric design
- Long minimization
読み込まれた構造は、各用途の解析前に、タンパク質由来以外の原子は取り除かれ、水素や欠失した側鎖原子は補完されます。Damiettaに実装されたエネルギー関数は、既知のロータマーライブラリーから計算する方式で計算コストが低く、高速に出力が可能です。変異体の許容確率 は ProteinMPNN に基づいて算出されるとのことです。
本ツールは、GUI でタンパク質デザインをしてみたい人にはお勧めできます。アプリが長期間運用されるか心配ですが、ダウンロードページが存在するので、ローカルで起動することも可能かもしれません。
ブラウザアプリはこちらから。
Damietta protein design toolkit
damietta.de
