論文タイトル
De novo antibody design with SE(3) diffusion
出典
De novo antibody design with SE(3) diffusion
We introduce IgDiff, an antibody variable domain diffusion model based on a general protein backbone diffusion framework which was extended to handle multiple c...
arxiv.org
要旨
FrameDiff を応用した抗体デザイン手法、IgDiff について紹介した論文です。
解説など
拡散モデルを利用した抗体デザインの新法です。本手法では、過去に公開された FrameDiff という手法をベースに、抗体デザイン用途へとモデルをファインチューニングしていることが特徴です。
SE(3) diffusion model with application to protein backbone generation
The design of novel protein structures remains a challenge in protein engineering for applications across biomedicine and chemistry. In this line of work, a dif...
arxiv.org
学習データは、OAS と ABodyBuilder2 などでモデリングされた構造データになります。
筆者らが構築したモデル（IgDiff）を用いて、unconditonal な構造生成を試みると、ABodyBuilder によるモデリングと RMSD で相違ない構造がデザインできていることがわかります。また生成される構造もカノニカル構造のレベルで多様であるとのことです。比較として、RFDiffusion をバニラウェイトで生成した配列では、Anarci で正しく解析できない（抗体配列として認識されない）レベルでありますので、それができる IgDiff では、きちんと抗体ライクな配列が設計できていることが示唆されます。
コードはこちらです。
De novo antibody design with SE(3) diffusion
Code and model weights of the IgDiff model (arXiv:2405.07622) presented at the 2023 NeurIPS Workshop on New Frontiers of AI for Drug Discovery and Development, ...
zenodo.org
抗原結合 CDR を設計するタスクは、本論文では検証されていませんので、さらなるアップデートに期待しましょう。
